Abbildung von Transkript- und Proteinsequenzen auf genomische Referenzdaten.

Abstract

Neue Entwicklungen in der biotechnologischen Apparatetechnik ermöglichen die umfassende Analyse von Organismen in den Bereichen der Genomik, Transkriptomik und Proteomik. Um die heterogenen Datentypen in ihrem genomischen Kontext graphisch darzustellen, wurden in dieser Arbeit generische Lösungen für die Abbildung von Transkript- und Proteinsequenzen auf genomische Referenzdatensätze entwickelt. Ergänzend wurde eine Applikation zur automatischen Funktionsannotation von EST-Datensätzen geschaffen, die statistische Analysen zur Über- bzw. Unterrepräsentation funktioneller Module durchführt. Um die Datenintegration für systembiologische Analysen zu unterstützen, wurde ein Werkzeug entwickelt, das die automatische Cross-Referenzierung von Einträgen aus verschiedenen Datenbanken erlaubt. Dazu wurden Listen mehrdeutiger biologischer Terme erstellt, die das Text Mining in den biomedizinischen Wissenschaften verbessern werden