En el presente estudio analizamos los haplogrupos A, B, C y D del acido desoxirribonucleico mitocondrial (mtdna) en 108 individuos contemporaneos mazahuas y 68 otomies del Estado de Mexico. El objetivo del analisis es identificar las relaciones genéticas entre estos grupos y compararlos con otras poblaciones antiguas y contemporaneas de Mexico. Los grupos poblacionales mazahua y otomi habitan en los mismos municipios del Estado de Mexico, hablan lenguajes que pertenecen a la familia linguistica oto-mangue, comparten aspectos culturales y una historia en comun. Los resultados mostraron que el haplogrupo B es el más frecuente en los mazahuas y el A en los otomies. El haplogrupo C presenta frecuencias similares en ambos grupos. La poblacion otomi presenta una baja frecuencia del haplogrupo D e incluye individuos que no presentaron ninguno de los cuatro haplogrupos del mtdna, mientras que todos los individuos de la poblacion mazahua pertenecieron a uno de los cuatro haplogrupos estudiados. Las poblaciones mazahua y otomi del actual Estado de Mexico son estadísticamente diferentes por el metodo de ji cuadrada (p ? 0.05). El analisis de componentes principales basado en las frecuencias de los cuatro haplogrupos del mtdna sugiere que entre ambos grupos poblacionales no ha habido flujo genico por via materna o ha sido muy escaso
