Infections of the lower respiratory tract (LRTI) cause significant morbidity
at Assiut University Hospitals, Egypt, among both children and adults.
Determining the contribution of viruses as causative agents to these LRTIs was
the aim of this study. The present study is the first one using both
conventional and molecular methods for detection and characterization of the
main respiratory viruses at Assiut University Hospitals. A total of 520
patients were enrolled in the study, 70 of them (13.5%) were children and 450
(86.5%) were adults. From these patients, 812 samples were obtained during
three consecutive winter-spring seasons from 2005 until 2008. The research was
conducted over a two-year period from 2007 to 2009 at the National Reference
Center for Influenza (Robert Koch Institute, Berlin, Germany). Detection of
the corresponding viruses was performed first by real-time PCR. Seventy nine
patients (104 samples) were diagnosed positive for one or more of the main
respiratory viruses with a viral infection rate of 15.2%. Infected children
were 32 in number (46% of the children group) and infected adults were 47
(10.4% of adults). Of the 79 virus-positive patients, 22 were infected with
influenza viruses, 21 with human Metapneumovirus (hMPV), 20 with adenoviruses,
and 16 with respiratory syncytial virus (RSV). The age group 0-4 years was the
most affected by respiratory viruses (30 out of 79 cases, which accounted for
38% of the total number of positive cases). Most of the influenza viruses were
detected in the middle age group (35-60), while RSV and hMPV were mostly
identified in young children (0-4 years). Adenoviruses were more or less
equally distributed among different age groups. Pneumonia was the most common
diagnosis, accounting for 27.85% of the total number of positive cases.
Isolation of respiratory viruses on tissue culture cells turned out to be very
difficult especially for viruses like hMPV and RSV. Only eight viruses (six
influenza viruses and two adenoviruses) out of the 104 positive samples
diagnosed by real-time PCR could be isolated on tissue culture cells.
Nucleotide and amino acid sequences of the detected respiratory viruses were
compared with sequences from Germany and those deposited at GenBank. It could
be concluded that viral isolation on tissue culture cells should not be used
as the primary method for diagnostic purposes as it is time-consuming and not
as sensitive as polymerase chain reaction. The phylogenetic characterization
of the detected viruses revealed that they were similar to those reported from
other parts of the world during the same period. This indicates a worldwide
spread of these viruses during winter-spring seasons. Diagnostic tests for
respiratory viruses should be incorporated in the routine diagnostic study of
patients with lower respiratory tract infection, and further active
respiratory viral surveillance will be required in the future.Infektionen der unteren Atemwege verursachen erhebliche Morbidität an den
Assiut-Universitäts-krankenhäusern, (Ägypten), sowohl bei Kindern als auch bei
Erwachsenen. Die Rolle von Viren als Erreger unterer Atemwegsinfektionen an
den Assiut Universitätskrankenhäusernzu bestimmen war das Ziel dieses
Forschungsprojekts. Diese Studie ist die erste, die sowohl konventionelle als
auch molekularbiologische Methoden zum Nachweis und zur Charakterisierung der
wichtigsten Atemwegsviren verwendet hat. Insgesamt, wurden 520 Patienten in
die Studie aufgenommen; 70 von ihnen (13,5%) waren Kinder und 450 (86,5%)
waren Erwachsene. Von den Patienten, wurden 812 Proben während dreier
aufeinander folgender Influenza-Saisons (2005 bis 2008) gewonnen. Die
Untersuchung wurde über einen Zeitraum von zwei Jahren (2007 bis 2009) am
Nationalen Referenzzentrum für Influenza (Robert Koch-Institut, Berlin,
Deutschland) durchgeführt. Der Nachweis der entsprechenden Viren wurde
zunächst mittels Real-Time-PCR durchgeführt. Dabei wurden 79 Patienten (104
Proben) positiv für einen oder mehrere der wichtigsten Atemwegsviren getestet
(15,2%). In der Gruppe der Kinder waren 32 (46%) und bei den Erwachsenen 47
(10,4%) im PCR-Nachweis positiv. Von den 79 positiven Patienten waren 22 mit
Influenzaviren, 21 mit Metapneumoviren (HMPV), 20 mit Adenoviren und 16 mit
Respiratory Syncytial Virus (RSV) infiziert. Die Altersgruppe 0-4 Jahre war
die am stärksten von respiratorischen Viren betroffene Gruppe (30 von 79
Fällen, entspricht 38% der Gesamtzahl der positiven Fälle). Die meisten
Influenzaviren wurden in der mittleren Altersgruppe (35-60) festgestellt,
während RSV und HMPV zumeist bei kleinen Kindern (0-4 Jahre) identifiziert
wurden. Pneumonie war die häufigste klinische Diagnose mit einem Anteil von
27,9% an der Gesamtzahl der positiven Fälle. Die Virusanzucht als weiteres
unabhängiges Verfahren erwies sich als sehr viel schwieriger. Nur acht Viren
(sechs Influenza-Viren und zwei Adenoviren) konnten aus den 104-positiven
Proben isoliert werden. Nukleotid-und Aminosäure-Sequenzen der Viren wurden
mit bekannten Sequenzen aus Deutschland und in GenBank hinterlegten
verglichen. Die Ergebnisse zeigten, dass die PCR gegenüber der Virusanzucht zu
bevorzugen ist, da sie sensitiver und weniger zeitaufwändig ist. Die
phylogenetische Charakterisierung der Viren ergab, dass sie denen aus anderen
Teilen der Welt im gleichen Zeitraum ähnlich sind. Diagnostische Tests für den
respiratorische Viren sollten in Assiut in der Routinediagnostik bei Patienten
mit Infektion der unteren Atemwege aufgenommen werden. Eine weitere aktive
Überwachung respiratorischer Viren wird auch in Zukunft erforderlich sein
