Abbreviations vii Zusammenfassung xi Summary xv 1 Introduction 1 1.1 The
global AIDS epidemic and its emergence 1 1.2 Phylogeny of primate lentiviruses
1 1.3 Structure and morphology of HIV and SIV 3 1.4 The replication cycle of
HIV and SIV 5 1.5 Pathogenesis of HIV/SIV infection in the heterologous host 7
1.6 Immune responses in the heterologous host 8 1.6.1 Cellular immune
reactions against HIV/SIV 8 1.6.2 Humoural immune response to HIV/SIV 9 1.6.3
Immune activation 11 1.7 Long-term non-progressors, highly exposed persistent
seronegatives and elite controllers 12 1.8 Antiretroviral therapy 13 1.9 Non-
pathogenic SIV infection of natural hosts 14 1.9.1 Levels of virus replication
14 1.9.2 Levels of mucosal CD4+ T-cells 15 1.9.3 Target cells for SIV
replication and cytopathicity 16 1.10 Immune responses in natural hosts of SIV
16 1.10.1 Cellular responses 16 1.10.2 Humoural responses 17 1.10.3 Efforts to
break the apparent tolerance to Gag 18 1.10.4 Immune activation in the natural
hosts 19 1.13 Aim of the thesis 20 2 Materials and Methods 23 2.1 Sequencing
of the AG3.0 heavy and light chain variable regions 23 2.2 Animals 23 2.3
Immunisations 24 2.4 Specimen collection 24 2.5 Determination of p27
concentration in AGM and rhesus plasma 25 2.6 Quantification of cytokines and
chemokines in plasma 25 2.7 Isolation of PBMCs from AGM and rhesus blood
samples 25 2.8 Sequencing of AGM and rhesus biomarker mRNAs 26 2.9 Generation
of AGM biomarker cDNA for amplification and sequencing 26 2.10 Amplification
of AGM biomarker cDNAs 26 2.11 Cloning of AGM and rhesus biomarker genes 31
2.12 Detection of positive bacterial clones 31 2.13 Plasmid isolation 32 2.14
Quantification of RNA and DNA 32 2.15 Sequencing of AGM and rhesus biomarker
cDNAs 32 2.16 Primer design for biomarker real-time PCRs 33 2.17 Generation of
positive control DNA templates for realtime-PCR 37 2.18 Testing of realtime-
PCR assay efficiency with AGM and rhesus cDNAs 37 2.19 Determination of
biomarker expression levels in PBMCs of chronically SIV-infected AGMs and
rhesus macaques using realtime RT-PCR 38 2.20 Quantification of pDCs in PBMCs
with FACS 39 2.21 Quantification of CD20+ B-cells in PBMCs with FACS 39 2.22
Interferon alpha ELISPOT 40 2.23 Total IgG ELISA 40 3 Results 43 3.1
Sequencing of the AG 3.0 antigen binding site. 43 3.2 Plasma virus load in
acutely SIV-infected AGMs and rhesus macaques of the immunisation study 45 3.3
Cytokine and chemokine levels during acute SIV infection 47 3.3.1 Differences
between species 47 3.3.2 Post-peak plasma cytokine elevations 58 3.4
Development of biomarker realtime PCRs 60 3.4.1 Sequencing of AGM and rhesus
biomarker cDNAs 60 3.4.2 Establishing and optimising assays with AGM and
rhesus cDNAs 60 3.5 Biomarker expression levels in PBMCs from chronically SIV-
infected AGMs and rhesus macaques 64 3.6 Interferon regulatory factor 7
sequence 70 3.7 Interferon alpha ELISPOT 72 3.8 Quantification of antibodies
and B-cells 74 3.8.1 Total IgG ELISA 74 3.8.2 Quantification of CD20+ B-cells
in AGMs and rhesus macaque PBMCs 77 4 Discussion 79 4.1 The AG3.0 antibody 79
4.1.1 T-cell dependency of secondary B-cell responses to Gag 80 4.1.2 The
absence of Gag-specific antibodies in SIVagm-infected AGMs in not absolute 81
4.2 Plasma cytokine profiles in acutely SIV-infected AGMs and rhesus macaques
81 4.2.1 Differences between species 81 4.2.2 Differences between immunisation
groups 85 4.3 Development of realtime-PCR assays for the detection of
biomarker expression levels 87 4.4 Biomarker expression levels in chronically
SIV-infected AGMs and rhesus macaques 89 4.5 Plasmacytoid dendritic cells and
IFN alpha production in natural hosts for SIV 95 4.5.1 Interferon alpha
responses of AGM and rhesus pDCs upon TLR7/9 stimulation 95 4.5.2 Interferon
regulatory factor 7 96 4.5.3 Polymorphisms in the AGM IRF-7 mRNA sequence 99
4.6 Innate activation of memory B-cells 100 4.6.1 Total IgG levels in SIV-
infected AGMs and rhesus macaques 100 5 Conclusion and Perspective 102 6
Literature 105 Appendix 117 AGM biomarker sequences 117 Functions of
biomarkers investigated 126 Publications 129 Acknowledgements 130The natural hosts of simian immunodeficiency virus (SIV), which include
African green monkeys (AGMs), do not develop AIDS despite high viral loads.
SIVagm-infected AGMs lack antibodies against the viral Gag protein, which is
immunodominant in pathogenic systems, such as rhesus macaques. They do,
however, develop strong humoural responses to the viral Env protein. It has
been hypothesised that this lack of Gag-specific antibodies contributes to the
lack of disease in AGMs, as there is a lack of immune complex deposition in
the lymph nodes of natural hosts, which is in contrast to heterologous host
systems where the fine structure of the lymph nodes is destroyed. AGMs may
therefore have evolved a tolerance to Gag to avoid these immunopathological
events. Previous experiments to break the apparent tolerance to Gag were
performed by immunising AGMs with SIVagm Gag protein or SIVagm gag DNA, both
approaches unexpectedly leading to the induction of Gag-specific antibodies.
Upon challenge, however, the titres of such antibodies dropped to undetectable
levels, thereby apparently falsifying the hypothesis that AGMs have evolved a
state of immunological “tolerance” to Gag. Instead, the results suggested an
active suppression of the protein-specific response in AGMs. To bypass this
phenomenon, it was initially intended to generate an adeno-associated virus
vector expressing the gene for a recombinant anti-Gag antibody. Upon 'gene
therapy' with this construct, anti-Gag antibodies produced artificially in
muscle cells of AGMs would enter the circulatory system independent of the
immune system. However, evidence appeared that due to the trimeric form of the
viral spike, the humoural response to Env is T-cell independent, whereas the
secondary antibody response to Gag strongly depends on T-cell help. Regulatory
mechanisms that suppress general T-helper cell activity would therefore have
no effect on the induction of anti-Env antibodies in AGMs but would abrogate
the anti-Gag response. It was therefore decided to obtain a systematic
overview of immunoregulatory biomarker levels during the acute and chronic
phase of infection to identify possible down-regulating mechanisms that result
in the absence of anti-Gag antibodies in the natural hosts of SIV.
Fortunately, sequential samples taken before and during acute and chronic
infection of both macaques and AGMs were available from a previous
immunisation study. Luminex multiplex assays were performed to determine the
levels of 17 different pro- and anti-inflammatory markers in plasma. Distinct
differences in the immune activation profiles of AGMs and rhesus macaques
during the acute phase of SIV infection were identified. Rhesus macaques
showed distinctly higher levels of immune activation upon SIV-infection than
AGMs and there was a clear difference in the timing of peak cytokine
elevations, with levels in the AGMs not only being lower, but also occurring
later than in rhesus macaques. The different timing in elevations might be a
critical important factor for the induction of 'tolerance' to SIV in AGMs.
Real-time PCR assays were established for the detection of 34 different
biomarker expression levels in the PBMCs of AGM and rhesus macaques, which now
provide useful tools for characterising immune activation profiles at the mRNA
level. To achieve this, it was necessary to sequence the mRNAs coding for the
AGM biomarkers. Polymorphisms in the gene coding for IRF-7, a molecule
involved in Toll-like receptor 7 (TLR7) signalling have been hypothesised to
be responsible for lower interferon (IFN) alpha responses (and hence reduced
immune activation) in plasmacytoid dendritic cells (pDCs) of sooty mangabeys
(SM), another natural host species for SIV. The AGM IRF-7 sequence was
determined and compared with the SM, human and rhesus sequence. One
polymorphism was found to be shared in AGMs and SMs, but different to humans
and rhesus. In addition, it was shown that AGM pDCs, like those of SMs, have a
reduced ability to secrete Type 1 IFN following stimulation with SIV compared
to those of rhesus macaques. Finally, a decrease in total IgG in AGMs and a
trend towards an increase of total IgG in rhesus macaques over the course of
SIV infection were demonstrated. Ultimately, two strong candidates for the
dampening of T helper cell activation and hence B-cell responses to T-cell
dependent antigens (such as Gag) in AGMs have been identified: The PD1/PD-L1
induced anergy of T helper cells and the severely reduced capacity for innate
memory B-cell activation by TLR7 activation, due to the diminished IFN alpha
responses of AGM pDCs to SIV. It is not yet known whether the phenomena of
abrogated anti-Gag antibody production and reduced total IgG levels upon SIV-
infection in AGMs are mere bystander effects of the infection or whether they
indeed have implications for pathogenesis (such as avoiding the trapping of
immune complexes in lymph nodes). Investigating these and their correlations
with the candidates mentioned above should be investigated more fully in the
future.Natürliche Wirte für das simiane Immundefizienzvirus (SIV), z.B. Afrikanische
Grüne Meerkatzen (AGMs) entwickeln trotz hoher Viruslasten kein AIDS.
Ebenfalls weisen sie keine detektierbaren Antikörpertiter gegen das virale
Gag-Protein auf, das im pathogenen Wirtssytem, z.B. in Rhesusmakaken,
immunodominant ist; allerdings entwickeln sie hohe Antikörpertiter gegen das
virale Env-Protein. Da SIV-infizierte AGMs im Gegensatz zu Rhesusmakaken keine
Ablagerungen von Immunkomplexen in Lymphknoten aufweisen und diese nicht
zerstört werden, wurde bisher vermutet, dass die Abwesenheit der anti-Gag-
Antikörper für den Schutz gegen AIDS in AGMs eine Rolle spielt, indem sie eine
Toleranz gegenüber dem Gag-Protein entwickelt haben, um immunpathologische
Auswirkungen der Infektion zu vermeiden. In zwei vorausgegangenen Studien
wurde versucht, die vermutete Toleranz des Gag-Proteins zu durchbrechen.
Hierfür wurden AGMs mit SIVagmGag-Protein bzw. –DNA immunisiert, was
überraschenderweise in beiden Fällen Gag-spezifische Antikörper induzierte und
die Hypothese der Toleranz des Gag-Proteins in AGMs widerlegte. Allerdings
sanken die anti-Gag-Antikörpertiter nach SIVagm-Infektion auf undetektierbare
Niveaus, was eine aktive Unterdrückung der Protein-spezifischen
Antikörperantwort in AGMs suggerierte. Um dieses Phänomen zu umgehen war
ursprünglich geplant, einen adeno-assoziierten viralen Vektor zu entwickeln,
der einen rekombinanten anti-Gag-Antikörper exprimiert. Die mit diesem Vektor
„gentherapierten“ AGMs sollten so die gewünschten Antikörper in ihren
Muskelzellen produzieren, von wo aus sie unabhängig vom Immunsystem in den
Blutkreislauf verteilt würden. Es wurde jedoch bekannt, dass die humorale
Immunantwort gegen Env aufgrund der trimeren Form des Proteins auf der
Virusoberfläche T-Zell unabhängig ist, wogegen die humorale Immunantwort gegen
Gag-Proteine stark auf T-Zell Hilfe angewiesen ist. Regulatorische
Mechanismen, die die Aktivität von T-helfer Zellen unterdrücken, würden daher
die Ausbildung einer humoralen anti-Gag- Antwort verhindern, aber keinen
Einfluss auf die Induktion von anti-Env-Antikörpern in AGMs haben. Daher wurde
entschieden, einen systematischen Überblick über die Niveaus von
immunregulatorischen Biomarkern während der akuten und chronischen Phase der
SIV-Infektion zu schaffen, um mögliche herunterregulierende Mechanismen zu
identifizieren, die in einer Abwesenheit von anti-Gag-Antikörpern in
natürlichen Wirten für SIV resultieren könnten. Fortlaufende Plasma- und Zell-
Proben, die während der akuten und chronischen Infektionsphase von AGMs und
Rhesusmakaken gewonnen wurden, waren aus einer der vorangegangenen
Immunisierungsstudien verfügbar. Luminex Multiplex Tests wurden durchgeführt,
um die Niveaus von 17 pro- und anti-inflammatorischen Markern in den
Plasmaproben zu bestimmen. Hier konnten starke Unterschiede in der
Immunaktivierung von AGMs und Rhesusmakaken während der akuten Infektionsphase
festgestellt werden, wobei letztere eine wesentlich höhere Immunaktivierung
aufwiesen als die AGMs. Zusätzlich wurde ein klarer Unterschied im zeitlichen
Auftreten der gemessenen Höchstwerte der Marker festgestellt, denn die Niveaus
in den AGMs waren nicht nur niedriger, sondern erhöhten sich zusätzlich später
als in den Rhesusmakaken. Dieser zeitliche Unterschied könnte einen wichtigen
Faktor für die Entwicklung einer Immuntoleranz gegenüber SIV in AGMs
darstellen. Des Weiteren wurden Real-time PCR Tests für die Detektion von
Expressionsniveaus von 32 verschiedenen Biomarkern in PBMCs von AGMs und
Rhesusmakaken entwickelt, die nun nützliche Werkzeuge für die
Charakterisierung von Immunaktivierungsprofilen auf mRNA Niveau bereitstellen.
Um diese Tests zu generieren, mussten zunächst die für die Biomarker
kodierenden mRNAs der AGMs sequenziert werden. Es wurde vermutet, dass
Polymorphismen im IRF-7 Gen, das für ein in den Toll-like-Rezeptor 7 (TLR7)
Signalweg involviertes Molekül kodiert, für niedrigere Interferon (IFN) alpha-
Ausschüttung (und daher eine niedrigere Immunaktivierung) in plasmazytoiden
dendritischen Zellen (pDCs) von Rauchmangaben (einer anderen natürlichen
Wirtsspezies für SIV) im Vergleich zu Rhesusmakaken verantwortlich sind. Die
erhaltene AGM IRF-7 Sequenz wurde mit der von Rauchmangaben, Menschen und
Rhesusmakaken verglichen und ein Polymorphismus wurde identifiziert, der nur
in den natürlichen Wirten für SIV, AGMs und Rauchmangaben, aber nicht in den
heterologen Wirten für SIV, Rhesusmakaken und Menschen, vorhanden ist.
Zusätzlich wurde gezeigt, dass AGM pDCs nach Stimulation mit HIV oder SIV wie
Rauchmangaben ebenfalls geringere Mengen IFN alpha als pDCs von Rhesusmakaken
sezernieren. Des Weiteren wurde gezeigt, dass AGMs nach der SIV-infektion
einen erniedrigten gesamt-Antikörpertiter im Plasma aufweisen, während dieser
in Rhesusmakaken zu einer Zunahme tendiert. Schlussendlich konnten zwei
Kandidaten, die für die Abschwächung der T-Helfer Zell-Aktivierung in SIV-
infizierten AGMs eine Rolle spielen könnten, identifiziert werden: Eine
PD1-PDL1-induzierte Anergie von T-Helfer Zellen sowie die stark verringerte
Kapazität der nativen Aktivierung von Gedächtnis-B-Zellen durch eine
Aktivierung von TLR7, die aus den reduzierten IFN alpha Ausschüttungen der AGM
pDCs nach SIV-Stimulation resultieren. Es ist bisher nicht bekannt, ob das
Phänomen der abwesenden anti-Gag-Antikörper und die Reduktion der gesamt-
Antikörpertiter nach SIV-Infektion in AGMs reine Nebeneffekte der Infektion
sind oder ob diese tatsächlich Auswirkungen auf die Pathogenese haben, wie
z.B. ein Verhindern der Ablagerung von Immunkomplexen in lymphatischen
Geweben. Gegenstand zukünftiger Studien sollte sein, die Korrelation dieser
Phänomene mit den neu identifizierten Kandidaten zu untersuchen
