Répercussions spatiales de l’esca sur l’holobionte vigne : réponse du microbiome dans le continuum sol/feuilles

Abstract

National audienceDans le cadre du projet Holoviti (Plan National Dépérissement du Vignoble), l’holobionte vigne est étudié, dans le continuum sol - racines - parties aériennes (SRP), chez des ceps symptomatiques (S) ou asymptomatiques (AS) de la forme lente d’esca (tigrures foliaires). Ces recherches ont été réalisées sur une parcelle du château de Marsannay, située sur la commune de Couchey en Côte d’Or (21). Celle-ci a été choisie car elle présente simultanément trois types de dépérissements : deux liés à des agents pathogènes, respectivement viraux (agent du court-noué) et fongiques (agents de l’esca), et un lié à des dysfonctionnements physiologiques (porte-greffe 161-49C). Cette parcelle a été cartographiée et suivie cep à cep en 2019 et 2020. Le prélèvement des échantillons des différents compartiments a été réalisé en septembre, à l’apparition des symptômes d’esca, sur 8 couples de ceps (AS et S) de même âge. Les ceps AS et S de chaque couple sont voisins (même environnement) et les différents couples sont dispersés au sein de la parcelle. Quatre analyses complémentaires ont été réalisées : (i) de la métagénomique, pour mettre en évidence de évènements de co-occurence ou de co-exclusion de certaines espèces selon que les ceps sont AS ou S ; (ii) de la transcriptomique, pour définir comment les communautés répondent à leur environnement ; (iii) de la métabolomique, indicateur le plus direct de la santé des plantes ; ainsi que (iv) des dosages enzymatiques, pour évaluer l’état de stress (notamment oxydatif) de la vigne. Dans le cadre de l’analyse métagénomique (ciblée), les amorces choisies ont visé les communautés bactériennes, fongiques (avec pour le compartiment racinaire un focus sur les communautés mycorhiziennes) et les oomycètes. Les résultats de l’analyse des communautés bactériennes dans le continuum SRP pour le millésime 2019 révèlent une baisse de la diversité spécifique (Indice de Shannon) le long de ce dernier. On retrouve une trentaine d’embranchements de bactéries répartis sur l’ensemble des compartiments. Les compartiments « sol », « racines » et « feuilles » apparaissent différents entre eux mais cette première analyse ne permet pas de discriminer les ceps AS des individus S. Pour les compartiments « bois de greffon » et « sarments » l’étude de l’abondance des communautés bactériennes révèle des tendances (des communautés plus ou moins abondantes, voire absentes chez les ceps S), qui seront à confirmer sur le millésime 2020.Ces premiers résultats, devront également être complétés par l’analyse des autres microbiotes (champignons et oomycètes). De plus, dans l’objectif d’appréhender le fonctionnement (ou dysfonctionnement) de l’holobionte vigne, ils devront également être rapportés aux indicateurs de fonctionnement de la plante (analysés conjointement)