Acquisitions et traitements d’images au service du phénotypage racinaire au sein de la plateforme haut débit 4PMI avec le système RhizoCab-RhizoTube

Abstract

EAGEAPSIAGROSUPINRALe phénotypage d’une plante est classiquement basé sur la caractérisation de traits aériens tels que la surface foliaire, la biomasse ou in fine le rendement. Le système racinaire qui joue pourtant un rôle clé dans le fonctionnement de la plante, n’est que peu étudié de manière non-destructive et dynamique du fait de difficultés techniques d’accessibilité aux racines. Pour ce faire l’outil RhizoTube a été développé. Il consiste en un rhizotron cylindrique qui permet la visualisation 2D du système racinaire d’une ou plusieurs plantes de manière simultanée. Afin de visualiser les racines, une coque protégeant de la lumière s’ouvre permettant une acquisition d’image à moyen ou haut débit au sein de la chambre de photographie appelée RhizoCab. La RhizoCab a été conçue pour prendre des images de l’intégralité du système racinaire de chaque plante à une définition variant de 42 μm à 7 μm. Parmi les différents systèmes d’acquisition d’images existants, la solution retenue est celle de l’imagerie visible (400-700 nm) à l’aide d’une caméra monochrome linéaire de 12000 pixels et d’une rampe de LEDs permettant l’éclairage dans les trois longueurs d’onde primaires. L’image acquise nous permet alors d’accéder à des données diverses telles que la surface projetée, la profondeur de prospection ou des traits architecturaux