Une nouvelle fonction de score pour l'amarrage protéine-protéine fondée sur les diagrammes de Voronoï

Abstract

International audienceDans cet article, nous décrivons l'interaction protéine-protéine dans le cadre du modèle de l'énergie stochastique (Random Energy Model) de la physique statistique. Nous simulons en amarrant les deux protéines partenaires, le processus d'association de deux protéines formant un complexe. Nous obtenons les spectres d'énergie d'un jeu de complexes protéine-protéine de structure tridimensionnelle connue en effectuant l'amarrage dans des orientations aléatoires et en calculant un score pour les complexes modèles ainsi générés. Nous utilisons une représentation très simplifiée de la structure où chaque acide aminé est remplacé par sa cellule de Voronoï, et nous appliquons le programme d'apprentissage par algorithme génétique ROGER à un ensemble de paramètres mesurés sur cette représentation, afin de dériver une fonction de score appropriée. En considérant les scores obtenus comme des énergies d'interaction, nous obtenons le spectre d'énergie de chaque complexe. Il s'approche d'une distribution gaussienne qui nous permet de calculer des paramètres physiques comme la température de transition vitreuse et la température de transition spécifique du système