International audienceThe mouth of the Casamance River, that works as a ria is not without impacts on the estuarine environment of the islands of the lower Casamance. In these islands where the altitude is extremely low (2 to 3 m), silty deposits are almost flush. However, the small tributaries (locally called "bolongs") that crisscross the islands are connected to the main reach of the Casamance River. They therefore have a salinity increasing upstream except at the end the rainy season when cumulated rainfall is important. Therefore, this contribution aims to be an analysis of the impacts of the inverse functioning of the Casamance estuary on the quality of the water and the agrosystems. To do this, the approach relies on a literature review, the collection of field data (observations, surveys, interviews, etc.) in the islands of Diogue, Carabane and Niomoune, and on GIS analysis. At the same time, surveys of GPS points and the measures in situ of salinity were conducted (wells and sources of water supply, estuary, and mouth). The results showed that the salinity directly affects the wells which here are usually the main sources of water supply. Shallow aquifers are affected by saline intrusion. Besides, the hydrologic conditions of the Casamance River, not allowing an exchange of fresh water permanent, leave a risk of consumption of water from the well which so far is intended for secondary purposesRésumé L'embouchure du fleuve Casamance qui fonctionne en réalité comme une ria n'est pas sans effet sur l'environnement estuarien des îles de la basse Casamance. Dans ces îles où l'altitude est extrêmement basse (2 à 3m), les dépôts vaseux sont quasi affleurants. Or, les petits affluents « bolongs » qui sillonnent les îles sont Thior & al 2 connectés au bras principal du fleuve Casamance. Ces derniers ont donc une salinité croissant vers l'amont due aux faibles apports en eau douce, sauf en fin de saison des pluies lorsque la pluviométrie cumulée est importante. Ainsi, cette contribution se veut d'être une analyse des impacts du fonctionnement inverse de l'estuaire de la Casamance sur la qualité de l'eau et sur les agrosystèmes. Pour ce faire, la démarche utilisée s'appuie sur une revue documentaire, l'exploitation de données de terrain (observations, enquêtes, entretiens, etc.) collectées dans les îles de Diogué Carabane, Niomoune et de l'imagerie spatiale et la géomatique. Parallèlement, des relevés de points GPS et des mesures in situ de taux de salinité ont été réalisés (puits et sources d'approvisionnement en eau, estuaire, et embouchure). Les résultats ont montré que la présence de l'eau de mer affecte directement les puits qui ici sont généralement les principales sources d'approvisionnement en eau. Les nappes phréatiques peu profondes sont affectées par l'intrusion saline. En plus, les conditions hydrologiques du fleuve Casamance ne permettant pas un échange permanent d'eau douce, laissent un risque de consommation d'eau des puits qui jusque-là est destiné à des fins secondaires
