Голі амеби населяють практично усі існуючі водні і наземні екотопи. Представники цієї групи були виявлені навіть у ґрунтах термальних джерел Нової Зеландії. Поширення амеб вивчено дуже слабко. Більшість видів є космополітами, однак їх розподіл в локальних місцезнаходженнях досить гетерогенний, що ускладнює фауністичні дослідження. Одні й ті ж види можуть бути виявлені і в Європі, і в Північній Америці, у той же час фауна двох сусідніх водойм передмістя європейського міста може сильно відрізнятис
