O propósito desta tese é o de analisar a existência de heterogeneidade a nível regional em termos de comportamento de inovação entre Regiões Europeias. Foram estimados regressões de quantis com uma variável dependente discreta, uma avançada ferramenta econométrica indicada para analises empíricas evolucionistas, o que representa uma novidade na área de inovação regional. Aplicando quantis a uma contagem de amostra de 67 regiões Europeias, e usando quarto quantis, concluímos uma evidência de heterogeneidade. A heterogeneidade existe em termos de performance de inovação regional e entre os fatores influenciadores dessa performance e em todos os níveis de performance considerados. Esta análise permite obter conclusões de grande relevância a serem consideradas na Europa 2020.The aim of this paper is to analyse the existence of regional heterogeneity in terms of innovation behaviour, between European Regions. We have estimated quantile regressions with a discrete dependent variable, an advanced econometric tool indicated for empirical evolutionist analysis, which is a novelty in the area of regional innovation. Applying quantile for counts within a sample of 67 European regions, and using four quantiles, we have concluded for the evidence of heterogeneity. The heterogeneity exists in terms of regional innovation performance and also within the factors influencing that performance, in each level of performance considered. This analysis allows obtaining conclusions of much relevance to be considered to Europe 2020