We here identified for the first time the presence of Mycobacterium avium paratuberculosis (MAP) sheep (S) strain in Argentina. IS900 polymerase chain reaction (PCR) was positive. The S strain was compared with MAP cattle (C) strains by using IS1311 PCR-restriction endonuclease analysis (PCR-REA), multiplex PCR and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis.Fil: Traveria, Gabriel. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Departamento de Clinica. Centro de Diagnostico E Investigaciones Veterinarias; ArgentinaFil: Zumárraga, Martín José. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Nacional de Investigaciones Agropecuarias. Centro de Investigación de Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Etchechoury, Ignacio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Nacional de Investigaciones Agropecuarias. Centro de Investigación de Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; ArgentinaFil: Romano, Maria Isabel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Nacional de Investigaciones Agropecuarias. Centro de Investigación de Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Cataldi, Angel Adrian. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Nacional de Investigaciones Agropecuarias. Centro de Investigación de Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Alvarado Pinedo, M. F.. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Departamento de Clinica. Centro de Diagnostico E Investigaciones Veterinarias; ArgentinaFil: Pavlik, I.. Veterinary Research Institute; República ChecaFil: Pribylova, R.. Veterinary Research Institute; República ChecaFil: Romero, J. R.. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Departamento de Clinica. Centro de Diagnostico E Investigaciones Veterinarias; Argentin