Palotie, Aarno

Finnish

Helsingin yliopiston digitaalinen arkisto

https://helda.helsinki.fiFinnGen-tutkimus luo perustaa genomitiedon hyödyntämiseksiterveydenhuollossa : Lähes joka kymmenes suomalainen osallistuuPalotie, Aarno2018Palotie , A 2018 , ' FinnGen-tutkimus luo perustaa genomitiedon hyödyntämiseksiterveydenhuollossa : Lähes joka kymmenes suomalainen osallistuu ' , Duodecim ,Vuosikerta. 134 , Nro 16 , Sivut 1545-1547 . < https://www.duodecimlehti.fi/api/pdf/duo14467 >http://hdl.handle.net/10138/304184publishedVersionDownloaded from Helda, University of Helsinki institutional repository.This is an electronic reprint of the original article.This reprint may differ from the original in pagination and typographic detail.Please cite the original version.1545 Duodecim 2018;134:1545–7PÄÄKIRJOITUSGenomitieto on yksilöllistetyn hoidon kulmakiviä. Sen tuottaman biologisen ymmärryksen ja tätä kautta synty vien sovelluksien tuominen tervey­denhuoltoon edellyttää tut­kimusta. Kesällä 2017 käyn­nistyneen akateemis­teollisen FinnGen­tutkimus yhteistyön tavoitteena on lisätä tietoa sairauk sien geneettisestä taustasta analysoi­malla 500 000 suomalaisen genomi­ ja terveys­rekisteri tietoja.Noin 200 000 pääasiassa THL:n kokoelmiin kuuluvan näytteen lisäksi kerätään 300 000 uut­ta näytettä biopankkeihin. FinnGenin partnerei­na ovatkin kaikki suomalaiset biopankit tausta­organisaatioineen ja seitsemän kansainvälistä lääkeyritystä. Isäntänä toimii Helsingin yliopis­to. Suuria aineistoja tarvitaan, koska yksittäisten geenivariaatioiden merkitys on tavallisesti pieni eivätkä yksittäiset geenit ja niiden tuotteet toimi umpiossa, vaan kokonaisuuden osina. Moderni genomitutkimus tähtääkin tämän kokonaisuu­den parempaan ymmärtämiseen.Vaikka suomalainen geenitausta on pääosin eurooppalainen, se on omaleimainen (1). La­boratoriotutkimuksien tapaan geenitutkimuk­setkin tarvitsevat viitearvonsa. Perimässä olevan suuren variaatiomäärän vuoksi myös viitetie­dostojen on oltava suuria ja perustuttava omaan väestöömme.Nykysuomalaisten polveutuminen pienestä perustajaväestöstä ja nopea väestönkasvu ovat johtaneet harvinaisten geenivarianttien rikas­tumiseen Suomessa. Suomalaisen tautiperin­nön peittyvästi periytyvät geenivirheet ovat esimerkki tästä. Niiden lisäksi suomalaisiin on rikastunut myös geenin toiminnan sammuttavia loss­of­function­mutaatioita, joiden merkitys vaihtelee. Osa on neutraaleja tai altistaa sai­rauksille, mutta osa suojaa sai­rauksilta, kuten sepelvaltimo­taudilta, tyypin 2 diabetekselta tai haavaiselta paksusuolituleh­dukselta (1–3). Nämä suojaa­vat muutokset ovat erityisen kiinnostavia tautimekanismien ymmärtämisen kannalta.FinnGenin kaltaisia tutkimushankkei­ta on toteutettu muuallakin. UK Biobankin 500 000 britin näyte­ ja terveystietokokoelma on no peasti muuttanut genomitutkimuksen toiminta ympäristön. UK Biobankin genomi­ ja terveys tieto on koko kansainvälisen tutkimus­yhteisön käytössä, ja sen keskeisimmät löydök­set liittyvät tautimekanismeihin (4–6). Tämä puolestaan mahdollistaa biomarkkereiden, riskin arvioinnin ja uusien hoitovaihtoehtojen kehittämisen. Vastaavia hankkeita tarvitaan kuitenkin lukuisia, sillä yksittäisten kokoelmien sijaan tuloksia pitää yhdistää eri aineistoista. Suomen, Viron ja muiden Pohjoismaiden gee­nipankkitutkimusten näytemäärät ovat toistai­seksi olleet pienehköjä ja niiden tutkimustieto­jen yhdistäminen vai keaa.FinnGen­tutkimus poikkeaa useimmista kooltaan ja osallistujiltaan vastaavista. Hank­keessa hyödynnetään useita vanhoja tutkimus­kokoelmia, joiden osallistujat ovat jo melko iäkkäitä. Sairaalabiopankit puolestaan keräävät lähinnä näytteitä potilaista, joilla on syy tulla sairaalaan. Siksi FinnGen­aineistossa on muita vastaavia tutkimuksia enemmän sairaustapah­tumia, mikä tarjoaa tutkimusasetelmia erityi­Aarno PalotieLähes joka kymmenes suomalainen osallistuuFinnGen-tutkimus luo perustaa genomi-tiedon hyödyntämiseksi terveydenhuollossaNäytteille tehdään noin 800 000 geenimerkkiä  kattava genotyypitys­analyysi1546PÄÄKIRJOITUSA. Palotiesesti sairauksien ja liitännäissairauksien taustan selvittämiseksi.FinnGeniin osallistuvat tutkittavat antavat biopankkisuostumuksen. Biopankki luovuttaa pseudonymisoidut näytteet FinnGenille. En­nen biopankkilain voimaan tulemista kerätyt näytteet on siirretty tai siirretään pääasiassa THL:n biopankkiin. Osallistuja antaa suostu­muksensa näytteidensä ja tietojensa käyttämi­seen laajasti lääketieteellisessä tutkimuksessa. Hän saa halutessaan tietää, mihin tutkimuksiin hänen näytettään ja tietojaan on käytetty ja voi milloin tahansa peruuttaa suostumuksensa. Tavoitteena onkin, että mahdollisimman moni biopankkinäytteen luovuttaja tietäisi tutkimus­hankkeesta.FinnGen­näytteille tehdään noin 800 000 geenimerkkiä kattava genotyypitysanalyysi genotyypityssirulla. Suomen väestörakenteen vuoksi koko genomin sekvensointia ei tarvita, vaan suomalaista viitesekvenssitietoa ja lasken­nallisia menetelmiä (imputaatiota) käyttämällä voidaan määrittää ne perimän variaatiot, jotka eivät ole edustettuina siruilla. Näin tutkitta­valta saadaan määritetyksi variantit, joita on populaatiossa enemmän kuin yhdellä tuhan­nesta. Tämä menetelmä maksaa 25–30 euroa näytteeltä, kun koko genomin sekvensoinnin kokonaishinta on vielä yli 1 000 euroa. Koko genomin sekvensointi lienee tulevaisuudessa mielekkäin analyysimenetelmä, mutta toistai­seksi kustannukset suurten näytemäärien ana­lysoimiseksi ovat liian suuret.Genomitietoa verrataan HILMO­, kuolin­syy­, Kelan lääkeosto­ ja ­korvaus­ sekä syöpä­rekistereihin. Suomalaisen tutkimuksen tunne­tuimpia saavutuksia ovat laajat epidemiologiset tutkimukset, kuten FINRISKI, Kaksostutki­mus, Pohjois­Karjala­projekti ja Setti­tutkimus. FinnGen jatkaa perinnettä. Koko maan kattavat aineistot, joihin voidaan yhdistää tietoa osallis­tujien terveystapahtumista koko elämän ajan, ovat pohjoismainen vahvuus.Suomalaisen säädösympäristön kehittymi­nen ja panostus alaan mahdollisti FinnGenin. Suomessa terveydenhoitoa ei nähdä pelkkänä menoeränä. Investoiduilla varoilla ja taito­tiedolla voidaan myös kehittää ainutlaatuista tutkimusta, joka edistää terveyttä ja stimuloi yritystoimintaa. Terveysalan kasvustrategia, genomistrategia ja biopankkilaki sekä vireillä olevat genomikeskuslaki, sote­tiedon toisio­käyttölakiesitys ja hallituksen kärkihanke il­mentävät tätä oivallusta. TEKESin seuraaja Business Finland on nostanut terveysalan kes­keiseksi kehittämisalueeksi. Suomesta on tullut houkutteleva tutkimusyhteistyökumppani ja investointikohde.FinnGen­tulosten on tarkoitus olla laajas­ti tutkimusyhteisön käytössä, ja suomalaisille tutkijoille tarjotaan runsaasti osallistumismah­dollisuuksia. Suuri joukko suomalaistutkijoita, biopankkien edustajia ja kliinikoita osallistuu jo nyt hankkeen suunnitteluun ja toteutukseen. Yliopistosairaaloiden seniorikliinikoista koos­tuvat työryhmät suunnittelevat muun muassa rekisteritietojen optimaalista käyttöä kliinisesti merkittävien muuttujien tuottamiseksi, vali­dointitutkimusten tarvetta ja toteutusta sekä FinnGenin jatkotutkimuksia. Kansainväliset partneriyritykset tarjoavat rahallista tukea mer­kittävän osaamispanoksensa lisäksi ja pääsevät tarkastelemaan FinnGen­dataa tietoturvalli­sessa ympäristössä. Yritykset eivät saa omistus­oikeutta dataan eivätkä voi kopioida tai tallen­taa yksilöiden tietoja.FinnGen­tutkimus on onnistuessaan kata­lysaattori, joka mahdollistaa biopankkitutki­muksen nopean vilkastumisen, stimuloi uusia tutkimuksia, houkuttelee kliinisiä lääketutki­muksia Suomeen ja piristää alan suomalaista yritysekosysteemiä. Mukana suunnittelussa on jo nyt suomalaisia yrityksiä, jotka tähtäävät genomitiedon välittämiseen terveydenhuol­toon, analyysiympäristöjen ja ­menetelmien ke­hittämiseen sekä lääketieteellisen tiedottamisen jalostamiseen. ■AARNO PALOTIE, LKT, professoriSuomen molekyylilääketieteen instituutti (FIMM/HiLFE), Helsingin yliopistoThe Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, YhdysvallatMassachusetts General Hospital, Boston, YhdysvallatSIDONNAISUUDETApuraha (Abbvie, AstraZeneca, Biogen, Celgene, Genetech, MSD, Pfizer), luentopalkkio/asiantuntijapalkkio (Pfizer, Koulab Oy, Orion, MSD), korvaukset koulutus ­ja kongressikuluista (Pfizer), luottamustoimet (Sosiaali­ ja terveysministeriö: Biopankkilainsää­dännön ohjausryhmä, Terveyden ja Hyvinvoinnin laitos: Biopankin tieteellinen ohjausryhmä)Kuva: Linda Tammisto1547KIRJALLISUUTTA1. Lim ET, Wurtz P, Havulinna AS, ym. Distribution and medical impact of loss­of­function variants in the Finnish founder population. PLoS Genet 2014;10: e1004494.2. Flannick J, Thorleifsson G, Beer NL, ym. Loss­of­function mutations in SLC30A8 protect against type 2 diabetes. Nat Genet 2014;46: 357–63.3. Rivas MA, Graham D, Sulem P, ym. A pro­tein­truncating R179X variant in RNF186 confers protection against ulcerative colitis. Nat Commun 2016;7:12342.4. Tikkanen E, Gustafsson S, Ingelsson E. Associations of fitness, physical activity, strength, and genetic risk with cardio­vascular disease: longitudinal analyses in the UK Biobank Study. Circulation 2018;137:2583–91.5. Wray NR, Ripke S, Mattheisen M, ym. Genome­wide association analyses iden­tify 44 risk variants and refine the genetic architecture of major depression. Nat Genet 2018;50:668–81.6. Zengini E, Hatzikotoulas K, Tachmazidou I, ym. Genome­wide analyses using UK Biobank data provide insights into the genetic architecture of osteoarthritis. Nat Genet 2018;50:549–58.

FinnGen-tutkimus luo perustaa genomitiedon hyödyntämiseksi terveydenhuollossa : Lähes joka kymmenes suomalainen osallistuu

https://helda.helsinki.fi/bitstream/10138/304184/1/duo14467.pdf

FinnGen-tutkimus luo perustaa genomitiedon hyödyntämiseksi terveydenhuollossa : Lähes joka kymmenes suomalainen osallistuu

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

Helsingin yliopiston digitaalinen arkisto