Aunque los estudios realizados presentan porcentajes variables en las diferencias, una serie de estudios comparativos entre productos ecológicos y convencionales, muestran un menor contenido de nitratos y menor presencia de residuos pesticidas, y por lo general, niveles más altos de vitamina C y compuestos fenólicos en los productos vegetales ecológicos, así como mayores niveles de ácidos grasos omega-3 y ácido linóleo conjugado en la leche de animales criados en ecológico. Además, recientes estudios epidemiológicos sobre humanos asocian al consumo de alimentos ecológicos a un menor riesgo de alergias, mientras que los resultados de los estudios relacionados con la intervención humana todavía son ambiguos. La hipótesis podría ser que los alimentos ecológicos aumentan la capacidad de resiliencia de los organismos vivos. Para confirmar esto, son necesarios estudios del efecto sobre los marcadores específicos para la salud. Por otra parte, los estudios de consumo siguen mostrando que las expectativas sobre los efectos sobre la salud de los alimentos ecológicos son una de las motivaciones más fuertes para que los consumidores compren productos orgánicos, y los resultados de la investigación sobre este tema pueden ser valiosos para la sociedad
