A extração de DNA genômico constitui rotina na aplicação de técnicas moleculares que auxiliam os programas de caracterização de germoplasma. Contudo, para muitos trabalhos de biologia molecular como identificação de marcadores moleculares e clonagem gênica o êxito, muitas vezes, depende da utilização de DNA em quantidade e qualidade adequadas. Para isso, diferentes protocolos têm sido desenvolvidos e ajustados para cada situação, porém, quase nada Foi feito para a melancia. Assim, foram testados dois métodos de extração de DNA, a extração por CTAB 2% (Método 1) e a pelo método estabelecido por Fulton et al. (1995) com algumas modificações (Método 2) utilizando-se nove acessos de melancia do Banco de Germoplasma localizado em Petrolina-PE. Os resultados revelaram a eficiência do Método 2 pelo qual foi obtido uma média de 500ng de DNA de tecido cotiledonar e média de 1593ng de DNA de folhas jovens definitivas. No entanto, a seleção final do método dependerá da avaliação da integridade e da pureza do DNA extraído o que será feito após a amplificação do DNASuplemento. Edição de Resumos expandidos e palestras do 43. Congresso Brasileiro de Olericultura, Recife, jul. 2003