O Jatobá do cerrado (Hymenaea stigonocarpa) apresenta frutos com polpa farinácea, que por sua vez são apreciadas por moradores regionais e viajantes na forma in natura ou processada. Além disso, a espécie é um condicionante inicial para processos de recuperação de áreas degradadas, estabelecendo assim condições para desenvolvimento da fauna e flora local. O presente estudo teve por objetivo estimar o comprimento e largura de sementes utilizando o paquímetro digital e o software ImageJ®, e validar as mensurações através de análises estatísticas. Foram avaliadas 50 sementes de jatobá do cerrado utilizando: plataforma de fenotipagem, câmera fotográfica Sony Hd Avchd progressive, software ImajeJ® Software SigmaPlot®, régua de 20 cm e paquímetro digital. Com o paquímetro obteve-se estimativas de comprimento e largura das 50 sementes da espécie, e posteriormente se repetiu as análises via software. A metodologia digital se mostra eficaz e acurada na obtenção das estimativas para análise biométrica de sementes, sendo possível o pesquisador realizar leituras de forma objetiva, minimizando os erros