Introdução: A cultura do cacau é uma atividade de grande importância econômica e social para Brasil. O maior problema para esta cultura no país é a doença Vassoura-de-Bruxa (VB), causada pelo fungo Moniliophthora perniciosa, de difícil controle. Além das interações planta-patógenos, também devem ser considerados os microrganismos endofíticos, que podem contribuir para o controle da doença através de indução de genes de resistência, antagonismo ou através do aumento do vigor da planta. Objetivo: a) avaliar uma bactéria endofítica (#Bacillus subtilis# ISO SF63) isolada de cacau resistente quanto à sua capacidade de colonização da planta e atividade antifúngica contra #M. perniciosa in vitro# b) investigar a influência da interação Theobroma cacao/#B. subtilis# ISO SF63 na expressão gênica. Materiais e métodos: Plântulas de cacau foram inoculadas com o isolado #B. subtilis# ISO SF63. Após 40 dias de crescimento, fragmentos de folha, caule, raiz e meristema foram desinfestados e colocados em meio de cultura BDA (batata, dextrose e ágar). Para determinação da atividade antifúngica, discos de micélio foram crescidos na presença do endofítico e o crescimento avaliado. Para a análise da expressão gênica, cDNA total de folhas de plantas inoculadas e não inoculadas com o endofítico foram hibridizados a membranas de Macroarranjo contendo aproximadamente 1300 EST de cacau. Resultado: O isolado foi recuperado de todos os tecidos testados e prevaleceu sobre outros microrganismos. Além disso, foi possível observar redução no crescimento micelial. A análise das membranas mostrou genes diferencialmente expressos nas condições testadas. Foram observados genes induzidos e genes reprimidos indicando que o isolado foi capaz de influenciar a expressão gênica em cacau. Conclusão: #B. subtilis# ISO SF63 mostrou grande potencial de colonização e atividade antifúngica e se mostrou capaz de interagir com a planta alterando o padrão de expressão de genes. O estudo destes genes pode abrir caminhos para o entendimento das bases moleculares da complexa interação planta/endofítico/patógeno. Apoio financeiro: Embrapa; Cirad; Fapesb. (Texte intégral