The zooplankton assemblages in Chilean Patagonian lakes are characterised mainly by their low biodiversity and high predominance of calanoids copepods, a pattern that has been studied for large and deep lakes between 38-51° S, and shallow ponds at 51° S. The aim of the present study was analyse the zooplankton assemblages in different water bodies located in coastal zones, middle valleys and mountain zones between 37-39° S. For this purpose, the following variables were considered: maximum depth, latitude, altitude, chlorophyll-a and species number, and to these variables, a Principal Component Analysis (PCA) was applied. A co-occurrence null model analysis was also applied for determining the existence of a random process in crustacean species associations. The results denoted low species richness, and different species associations for studied sites, and the null model analysis revealed the absence of a random process as regulator of species associations. Furthermore, a low species/genera ratio was identified, which denotes low productivity of the studied sites. These results were supported by a PCA analysis which denoted that the main determinant factors are chlorophyll concentration and species number that are directly associated. The obtained results are in agreement with descriptions in the literature for species diversity for lakes of Chilean Patagonia that describes oligotrophy as the main regulator of zooplankton assemblages. Other ecological and limnological topics are discussed in the present study.As comunidades zooplantônicas em lagos chilenos são caracterizadas, principalmente, por sua baixa biodiversidade e alta predominância de copépodos calanoides, um padrão que tem sido estudado em lagos grandes e profundos entre 38-51° S, e lagoas rasas em 51° S. O objetivo do presente estudo foi analisar as comunidades zooplantônicas em diferentes corpos de água localizados em zonas costeiras, vales intermediários e regiões de montanhas entre 37-39° S. Para este propósito, as seguintes variáveis foram consideradas: profundidade máxima, latitude, altitude, clorofila "a" e número de espécies, e a estas variáveis, foi aplicada a Análise de Componentes Principais (PCA). Um modelo nulo de coocorrência também foi aplicado para determinar a existência de um processo aleatório na associação de espécies de crustáceos. Os resultados denotam baixa diversidade de espécies e diferentes associações de espécies nos diferentes locais estudados, e o modelo nulo de análises revelou a ausência de um processo aleatório como regulador de associação de espécies. Além disso, a baixa relação espécie/gênero foi identificada, o que denota baixa produtividade dos locais estudados. Estes resultados foram apoiados pelas análises de PCA que mostraram que os fatores determinantes principais como a concentração de clorofila e número de espécies estão diretamente associados. Os resultados obtidos concordam com as descrições na literatura sobre a diversidade de espécies para lagos da Patagônia Chilena, que descreve a oligotrofia como principal regulador de comunidades zooplanctônicas. Outros tópicos ecológicos e limnológicos foram discutidos no presente estudo