Humanitaarisia kriisejä syntyy luonnonkatastrofien sekä maan sisäisten ja maiden välisten konfliktien seurauksena. Kriisitilanteessa suuri joukko ihmisiä on kiireellisen avun ja usein myös uudelleensijoituksen tarpeessa. Väestön uudelleensijoitusta tehdään maan sisäisesti mahdollisuuksien mukaan, mutta myös maan rajoja ylittävään sijoitukseen joudutaan turvautumaan. Kriisitilanteita komplisoivat useat mikrobiologiset riskit lisääntyneen väestöntiheyden, rajoitettujen resurssien, väestön muuttoliikkeiden, tuhoutuneen infrastruktuurin, luonnonolojen muutoksen, puhtaan veden ja ravinnon puutteen sekä terveyspalvelujen romahtamisen vuoksi. Tarttuvat taudit ovatkin merkittävä sairastuvuuden ja kuolleisuuden syy kriisitilanteissa. Riskien tiedostamisen kautta ulkopuolisen avun tarjonta on kohdennetumpaa ja riskeihin voidaan ennalta varautua. Tämä kirjallisuuskatsaus keskittyy kriisiolosuhteissa esiintyviin mikrobiologisiin riskeihin.
Merkittäviä kriisitilanteita komplisoivia tarttuvia tauteja ovat ripulitaudit, hengitystieinfektiot ja endeemisillä alueilla vektorivälitteinen malaria. Ruuansulatuskanavan kautta leviäviä merkittäviä patogeeneja kriisialueilla ovat bakteereista Vibrio cholerae, Shigella spp. ja Esherchia coli, alkueläimistä Cryptosporidia spp. ja Giardia duodenalis sekä hepatiittivirukset. Yleisoireiset lavantauti sekä pikkulavantauti, joita aiheuttavat Salmonella enterica Typhi ja Salmonella enterica Paratyphi A, leviävät myös ruuansulatuskanavan välityksellä. Ruuansulatuskanavaperäiset patogeenit aiheuttavat usein ripulia, joka voi nopeasti johtaa elimistön vakavaan kuivumiseen ja siitä seuraaviin komplikaatioihin.
Hengitystieinfektioita kriisiolosuhteissa aiheuttavat sekä virukset että bakteerit. Hengitystieinfektioiden merkitys korostuu olosuhteissa, joissa on suuri väestöntiheys. Respiratory syncytial -virus sekä tuhkarokkovirus ovat tärkeitä virusperäisten pneumonioiden aiheuttajia kriisioloissa. Mycobacterium tuberculosiksen aiheuttama tuberkuloosi on merkittävä kriisitilanteita komplisoiva tartuntatauti. Bakteeri infektoi keuhkoja aiheuttaen pulmonaarisen tuberkuloosin, mutta voi myös infektoida muita sisäelimiä.
Vekorivälitteisesti leviäviä tauteja kriisialueilla puolestaan ovat malaria, denguekuume sekä leishmanioosi. Vektorivälitteiset taudit leviävät kriisialueilla tehokkaasti suuren väestöntiheyden, kunnollisten asumusten puutteen ja mahdollisen luonnonolojen muutoksen vuoksi. Ihmisten kriisialueille rakentamat vedenjakelujärjestelmät saattavat myös auttaa vektorihyönteisiä lisääntymään tehokkaammin. Infrastruktuurin hajoamisen myötä ihmisten ja eläinten väliset kontaktit saattavat lisääntyä, mikä onkin merkittävä tekijä zoonoosien leviämisen kannalta. Merkittäviä zoonoottisia patogeeneja kriisialueilla ovat Cryptosporidia spp., Giardia duodenalis, Escherichia coli, hepatiitti E -virus sekä vektorivälitteinen Leishmania spp.
Mikrobiologisten riskien ennaltaehkäisyssä parhaat menetelmät vaihtelevat patogeenikohtaisesti. Ripulitautien leviämisen ehkäisyssä oleellisia keinoja ovat panostus vedenlaatuun sekä vedenkäsittelyjärjestelmiin, sanitaatioon, terveyspalvelujen saatavuuteen, hygieenisiin toimintatapoihin ja hygieniakoulutukseen. Vektorivälitteisiltä taudeilta suojautumisessa hyönteisten torjunta-aineilla käsitellyt verkot ja tiiviit asumukset ovat tehokasta ennaltaehkäisyä samoin kuin vesi- ja ruokavarastojen suojaaminen vektorihyönteisiltä ja -eläimiltä. Kriisialueiden väestön rokottamisella on saatu positiivisia tuloksia esimerkiksi tuhkarokkoepidemioiden ehkäisyssä