Psoriasis is a common skin disorder that is characterized by thickening of the most superficial layer of the skin, the epidermis, and accumulation of white blood cells, inflammation. The exact mechanism of how psoriasis develops is still unknown. Several gene expression studies have been conducted on psoriatic skin. Most of them, however, have focused on the expression in both the epidermis and dermis or were analyzed by microarrays. Here we used a novel approach to decipher the gene expression profile of the psoriatic skin, by utilizing a more specific and sensitive detection of transcripts by RNA sequencing (RNA-seq), implemented with an improved normalization method, and combined with samples that contain mainly the skin layer of interest: the epidermis. RNA-seq revealed more accurate expression profiles in different sample types that had varying amount of total mRNA per cell. Comparison with previous transcriptomics studies on psoriasis revealed that our approach provided more information about the transcriptional dysregulation in the epidermis. The expression profiling of epidermis highlighted the involvement of innate immunity and provided, for example, deeper understanding about the components of NOD-like receptor signaling pathway and inflammasome activation in keratinocytes. Some of the components have been associated with psoriasis in previous studies, yet the exact composition and activation mechanisms of inflammasomes have remained unclear. Our RNA-seq findings thus strengthen the role of keratinocytes as modulators of inflammation in the psoriatic lesions. The improved methods and focused analysis might help to pinpoint the most important pathways and functions, including broader knowledge in the involved components, in the psoriatic lesions. This, in turn, might improve the production of more specific treatments for psoriasis.
The psoriasis candidate gene CCHCR1 is located in the major psoriasis predisposition locus PSORS1, contains a psoriasis-associated risk allele *WWCC, and its gene product is expressed by the basal keratinocytes of the epidermis and has been shown to have an effect on cell proliferation and differentiation. The gene has two different transcription start sites and is able to encode for a peptide with a longer N-terminus from the transcript 1, which, however, depends upon a SNP that encodes for either tryptophan or stop codon, therefore either enabling or disabling the production of the longer protein. Here we presented association of the stop codon-encoding SNP (named as *Iso3) with psoriasis in family trios. We detected that CCHCR1 localizes at the centrosome and P-bodies, and reported isoform-specific effects on the localization of the P-bodies. Our experiments exhibited haplotype-specific effects of CCHCR1 also on cytoskeletal organization and cell proliferation; functions relevant to the pathogenesis of psoriasis. Furthermore, our results suggest that CCHCR1 might function in EGFR-STAT3 signaling and innate immunity, which strengthens the role of innate immunity in psoriasis even further. In addition, RNA-seq revealed isoform- and haplotype-specific effects on the expression profiles of different CCHCR1 cell lines. Interestingly, the most dramatic changes in gene expressions were observed in the isoform 3 -overexpressing cells but also the Non-risk and Risk haplotypes had antagonistic effects. The observation that CCHCR1 influences multiple cell signaling pathways may result from its possible role as a centrosomal P-body protein, which suggests a role in post-transcriptional regulation as well as a role in the regulation of cell cycle. Its exact function in these cellular compartments and effect in psoriatic lesions remains to be studied further.Psoriasis on yleinen ihotauti, jolle on tyypillistä punertavat ja hilseilevät iholäikät eli leesiot, jotka aiheutuvat keratinosyyttien epänormaalista kasvusta ja erilaistumisesta sekä tulehdussolujen kerääntymisestä alueelle. Taudin perimmäinen syy ja molekyylibiologinen tausta tunnetaan kuitenkin huonosti. Psoriasisihon geeni-ilmentymistä on selvitetty DNA-mikrosirumenetelmällä useassa eri tutkimuksessa, joissa on yleensä tutkittu sekä orvaskeden (epidermis) että verinahan (dermis) muutoksia. Tässä käytimme uutta lähestymistapaa; mikrosirujen sijaan käytimme herkkää ja tehokasta RNA-sekvensointia sekä ihonäytteitä jotka koostuivat lähinnä ihon pintakerroksesta, kohdistaen näin tutkimuksemme epidermiksen geeni-ilmentymiseen. Verrattuna edellisiin psoriasistutkimuksiin, lähestymistapamme toi uutta tietoa erityisesti epidermiksen geeni-ilmentymisen muutoksista. Tuloksissa nousi erityisesti esille epidermiksen ja keratinosyyttien rooli luontaisessa immuniteetissä ja tulehdusreaktion säätelyssä. Uudet löydökset saattavat auttaa tunnistamaan psoriasisleesiossa aktivoituneita viallisia signalointireittejä, mikä puolestaan mahdollistaa entistä täsmällisempien hoitojen kehittelyn.
Aiemmissa tutkimuksissa psoriasiksen tärkeimmällä alttiusalueella (PSORS1) sijaitsevasta CCHCR1-geenistä on tunnistettu psoriasikseen assosioituva riskimuoto *WWCC. CCHCR1:n tiedetään ilmentyvän epidermiksen keratinosyyteissä ja sen on osoitettu vaikuttavan solujen proliferaatioon sekä erilaistumiseen. Geenillä on kaksi eri transkription aloituskohtaa, joista toinen koodittaa N-terminukseltaan pidempää peptidiä. Tämän tuottuminen on kuitenkin riippuvainen SNP:stä, jonka kaksi eri alleelia mahdollistavat joko ainoastaan lyhyemmän (stop-kodoni, *Iso3) tai myös pidemmän (tryptofaani-kodoni) CCHCR1-muodon tuoton. Tutkimuksessa osoitimme *Iso3-alleelin assosioituvan psoriasikseen perheaineistossa. Funktionaalisissa tutkimuksissa havaitsimme että CCHCR1 paikantuu solun sentrosomiin ja isoformi-spesifisesti erityisiin mRNA:ta prosessoiviin soluelimiin (P-body). CCHCR1:llä havaittiin myös haplotyypistä riippuvia vaikutuksia solun tukirankaan ja solujen jakautumiseen; toimintoihin jotka liittyvät psoriasiksen patogeneesiin. Lisäksi tulokset viittaavat että CCHCR1 voisi vaikuttaa EGFR-STAT3 -signalointiin ja luontaiseen immuniteettiin. Havainto, että CCHCR1 vaikuttaa useisiin solun signalointireitteihin, saattaa johtua sen mahdollisesta roolista sentrosomaalisena P-body -proteiinina, mikä viittaa rooliin solusyklin sekä transkription säätelyssä. Sen tarkkaa toiminta näissä solun osissa ja vaikutus psoriasisihon epidermiksessä jää tutkittavaksi edelleen
