Tohmajärven kunnassa sijaitsevat Värtsilän laakson Natura 2000 -alueet muodostuvat kahdesta erillisestä Natura
2000 -alueesta: Värtsilän laakson (FI0700004 (SCI ja SPA)) sekä Värtsilän laakson luontokokonaisuus (FI0700025
(SPA)) -nimisistä alueista. Natura 2000 -alue on laajuudeltaan 522 hehtaaria. Pääosa Natura 2000 -alueesta on toteutettu
luonnonsuojelulailla perustamalla alueelle yksityisomistuksessa olevia suojelualueita, loput on toteutettu
vesi- ja rakennuslailla. Alueen lintuvedet – Sääperinjärvi ja Uudenkylänlampi – ovat Pohjois-Karjalan arvokkaimpia
lintuvesiä. Sääperinjärveä ympäröivät pellot ovat tärkeitä ruisrääkän pesimäalueita. Röykynvaaran lehto kuuluu
valtakunnalliseen lehtojensuojeluohjelmaan. Alueen erikoisuuksiin kuuluu myös harvinainen rupilisko, jota tavataan
Piilovaaran alueen lammista.
Koko Värtsilän laakson Natura 2000 -alueella tavataan noin 150 pesivää lintulajia ja kaikkiaan alueella on havaittu
noin 260 lajia. Värtsilän laakso on yksi Pohjois-Karjalan tärkeimmistä lintuharrastuskohteista. Alueella on lintutornit
Lösönlahdella sekä vuonna 2007 avattu torni Hopeakalliolla.
Värtsilän laakson alueella toteutettiin elinympäristön kunnostustoimia vuosina 2006–2007 Euroopan unionin
EAKR-rahoituksen turvin. Toimenpiteet käsittivät vesikasvillisuuden poistoa, rantaniittyjen kunnostusta ja hoitoa,
rantametsien hoitoa, pesimäsaarekkeiden rakentamista sekä pienpetopyyntiä
