La cáscara de cacao (Theobroma cacao L.) es el principal desecho en la agroindustria de este fruto en Colombia, ya que representa un 10% por cada tonelada de semilla seca. En el presente estudio se obtuvo un extracto polar (etanol: agua 1:1) por dos métodos: ultrasonido y agitación magnética. Se separó la fracción alcaloidal por extracción líquido ¿ líquido con cloroformo y la fracción fenólica con acetato de etilo, el análisis preliminar se realizó por cromatografía en capa delgada (CCD). El contenido total de fenoles se determinó usando un método espectrofotométrico (Folin ¿ Ciocalteau). Los fenoles y los alcaloides se analizaron por cromatografía líquida de alta eficiencia (CLAE), utilizando teobromina, cafeína y teofilina como estándares de alcaloides y ácido ferúlico como estándar para los compuestos fenólicos. La presencia de cafeína se confirmó por cromatografía de gases / espectrometría de masas (CG/EM). La actividad antibacteriana se evaluó frente a bacterias gram negativas, gram positivas y frente a un hongo: E. coli aislada de pollo, P. aeruginosa ATCC 27853, B. cereus ATCC 11778, S. agalactiae aislada en el Laboratorio López Correa de Pereira ¿ Colombia y Candida albicans ATCC 10231. Los resultados mostraron que la fracciones alcaloidales CHCl3-AG y CHCl3-US exhibieron actividad antibacteriana con una concentración mínima inhibitoria (CMI) de 512 y 1024 ppm frente a B. cereus y 128 ppm frente S. agalactiae respectivamente
