A cavidade oral humana é um ecossistema complexo onde factores do hospedeiro, microbianos e ambientais interagem num equilíbrio dinâmico que se reflecte no fluido que a envolve: a saliva. A compreensão da biologia da cavidade oral e dos distúrbios que a afectam (ou de doenças sistémicas que nela se reflectem) depende de ferramentas bioinformáticas que façam a
compilação, a integração e a aplicação da informação gerada por técnicas de alto rendimento, como a proteómica, que se dedica à identificação de todas as proteínas expressas.
Na última década foram determinados diversos proteomas da cavidade oral. No entanto, não existe um instrumento que permita compilar, integrar e interpretar os dados gerados. Neste sentido, este trabalho contribuiu para o desenvolvimento de uma ferramenta bioinformática que permite aos investigadores estudar a diversidade e variabilidade das proteínas que integram o proteoma oral, permitindo definir e caracterizar o oraloma (fisioma da cavidade oral).
Este trabalho permitiu compilar os proteomas da cavidade oral publicados na última década e rever a informação relativa às proteínas
identificadas, à luz do conhecimento actual. Este processo gerou uma grande quantidade de informação que obrigou à criação de uma base de dados para a armazenar, designada OralOme e de um portal web, designado OralCard, com
funcionalidades que permitem ao utilizador pesquisar, integrar, interpretar e
visualizar esses dados de forma relevante do ponto de vista biológico e clínico.
O estudo das proteínas depositadas no OralOme contribuiu para a compreensão das funções moleculares das proteínas produzidas pelos vários sub-compartimentos da cavidade oral e, deste modo, para o esclarecimento do
contributo de cada um deles para as funções da saliva.
Neste trabalho foram, ainda, testadas as diversas funcionalidades do OralCard na análise de dados de proteómica da cavidade oral provenientes de amostras de saliva para desenvolver metodologias de análise capazes de esclarecer mecanismos moleculares envolvidos em diversas patologias e para
identificar requisitos funcionais a implementar em actualizações futuras.
As metodologias seguidas permitiram estudar a relação das proteínas salivares com os estados de saúde oral e sistémica e, consequentemente, salientar o potencial da saliva como fluido de diagnóstico.
O desenvolvimento de ferramentas bioinformáticas como o OralCard é um importante contributo para o esclarecimento da biologia oral e para o desenho de estratégias que facilitem a identificação de biomarcadores a partir de amostras de saliva, contribuindo para o desenvolvimento de métodos de diagnóstico e de prognóstico mais eficientes e de terapêuticas mais eficazes.The human oral cavity is a complex ecosystem where host, microbial and environmental factors interact in a dynamic equilibrium reflected in the fluid saliva. The understanding of the biology of the oral cavity and the disturbances
affecting it (or the systemic diseases mirrored in it) depends on bioinformatics tools to compile, integrate and apply the information generated by high throughput techniques such as proteomics, which is devoted to the identification
of expressed proteins.
Several proteomes of the oral cavity have been published in the last decade. A tool to compile, integrate and interpret the data generated by the several studies is still not available. The aim of this work is to contribute to the development of a bioinformatics tool which allows researchers to study the diversity and variability of proteins in the oral proteome defining and characterizing the oralome (physiome of the oral cavity).
In this study, the proteomes of the oral cavity published in the last decade were compiled and information regarding the proteins identified was curated. This process generated a large quantity of information leading to the creation of the
OralOme database and the OraCard web portal. With OralCard the user may search, integrate, interpret and visualize the data extracting biological and clinical meaning. The study of the proteins in the OralOme contributes to the
understanding of the molecular functions of the proteins produced by the various sub compartments of the oral cavity and therefore for the establishment of their contribution to salivary functions.
Furthermore, several functionalities of OralCard in the analysis of proteomic data were tested, with the objective of developing analysis methodologies for the clarification of the molecular mechanisms involved in several pathologies and support the inclusion of functional improvements in future updates of the
portal.
The methodologies used allowed the study of the relationship between salivary proteins and oral and systemic health and therefore support the potential use of saliva as a diagnostic fluid.
The development of bioinformatics tools such as OralCard are an important contribution to the understanding of oral biology and the development of strategies that allow the identification of biomarkers from saliva samples, contributing to the development of effective diagnostic, prognostic and therapeutic methods
