Objetivo: Neste estudo reportamos a aplicação desta tecnologia no contexto de apoio à decisão clínica de transplante pulmonar num doente com Fibrose Quística

Borges, Vítor

Casimiro, Ana

Gomes, João Paulo

Oleastro, Mónica

Pinto, Margarida

Silveira, Leonor

Repositório Científico do Instituto Nacional de Saúde

03_IntroduçãoO complexo Burkholderia cepacia (Burkholderia cepacia complex, Bcc) constitui um grupo heterogéneo de bactérias que inclui cerca de 20 espécies bacterianas relacionadas. Estas são ubiquitárias na natureza, sendo encontradas em ambientes naturais como o solo, água, rizosferas, animais e produtos agrícolas (1).Estas bactérias são, no entanto, patogénicas para o Homem, ten-do um impacto clínico relevante nos doentes com fibrose quística (FQ), estando associadas a um pior prognóstico e diminuição da esperança de vida destes doentes (2). Nas amostras respiratórias destes doentes são frequentemente isoladas as espécies Pseudo-monas aeruginosa e Staphylococcus aureus, e mais recentemente assistiu-se a um aumento das infeções por espécies pertencentes ao Bcc (3). Estas infeções são particularmente graves nos doen-tes com FQ, podendo levar ao desenvolvimento de uma septicemia fulminante com paragem respiratória aguda, tratando-se de um quadro clínico conhecido como cepacia syndrome (4). De entre as espécies pertencentes ao Bcc, as mais frequentemente encontra-das em doentes com FQ são B. multivorans e B. cenocepacia.Uma das opções terapêuticas mais importantes para minorar a doença pulmonar avançada em doentes com FQ é o transplante pulmonar, cujo sucesso é, no entanto, dependente do agente cau-sador da infeção respiratória. Mais especificamente, a infeção com B. cenocepacia leva a uma sobrevivência a curto e longo prazo sig-nificativamente mais baixa do que a infeção com outras espécies do complexo, pelo que aqueles doentes são normalmente excluídos de serem considerados para transplante pulmonar (5). Assim, é indis-pensável a avaliação adequada das infeções por Bcc, bem como a discriminação das espécies, antes da decisão clínica de considerar o transplante pulmonar uma opção terapêutica viável para o trata-mento de um doente com FQ.A correta identificação das espécies do Bcc é um desafio para o laboratório de microbiologia, já que os métodos convencionais, baseados em testes bioquímicos ou de espetrometria de massa não têm acuidade suficiente para distinguir para lá do género bacteriano (6). Assim, torna-se necessário recorrer a técnicas mo-leculares, baseadas em ácidos nucleicos, tal como a tecnologia de Sequenciação de Nova Geração. _ObjetivoNeste estudo reportamos a aplicação desta tecnologia no contex-to de apoio à decisão clínica de transplante pulmonar num doente com FQ. _Caso clínicoTrata-se de um doente de 16 anos de idade com o diagnóstico de FQ, homozigótico para a mutação CFTRΔF508. Os pais são não consanguíneos e são ambos saudáveis. A gravidez foi de termo, parto e período neonatal sem intercorrências. O peso à nascença era de 3860g e apresentava índice de Apgar 9/10. Em criança não apresentava intolerâncias alimentares, mas mostrava má evolução ponderal com início precoce. Teve os primeiros sintomas respirató-rios e entéricos aos 4 meses; o diagnóstico de FQ foi feito aos 8 meses na sequência de internamento por bronquiolite aguda, hipo-xemia e desnutrição. Apresentava provas do suor com valores ele-vados (120 e 119mmol/L) e o diagnóstico foi confirmado por estudo genético. Desde criança, o doente teve múltiplos internamentos por exacerbações respiratórias e má nutrição. É um doente diabé-tico com necessidade de insulina desde os 15 anos, apresenta ci-foescoliose, polisinusopatia, desnutrição e depressão graves. O doente sofre de insuficiência respiratória crónica (FVC 31,9% em 2014), com retenção de CO2 (55/107) e hipoxemia (O2 a 8L/min),_ Sequenciação de Nova Geração no apoio à decisão de transplante pulmonar num doente com fibrose quística  Leonor Silveira1, Ana Casimiro 2, Margarida Pinto 3, Vítor Borges1, João Paulo Gomes1,  Mónica Oleastro1monica.oleastro@insa.min-saude.pt(1) Departamento de Doenças Infeciosas, INSA.(2) Departamento de Pediatria Médica. Unidade de Pneumologia, Hospital D. Estefânia.(3) Laboratório de Microbiologia, Centro Hospitalar de Lisboa Central.artigos breves_   n. 1 _Sequenciação de Nova GeraçãoDoutor Ricardo JorgeNacional de Saúde_Instituto Observações_ Boletim Epidemiológico2ª série2015especial 6númeroInstituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, IP_Doenças Infeciosaswww.insa.pt04tendo realizado múltiplos ciclos de antibioterapia de largo espectro, com vista à erradicação de agentes respiratórios e para proteção da degradação da função pulmonar, no entanto sem melhoria clínica. Do ponto de vista microbiológico, aos 3 anos teve o primeiro isola-mento de P. aeruginosa na expetoração, atualmente apenas com sensibilidade intermédia à ciprofloxacina. Aos 4 anos teve o primeiro isolamento de Bcc na expetoração; atualmente a estirpe é multires-tistente._Aplicação da tecnologia de Sequenciação de Nova Geração para apoio à decisão clínicaIsolados bacterianos deste doente foram enviados para o Depar-tamento de Doenças Infeciosas do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), para identif icação precisa das es-pécies bacterianas causadoras da infeção respiratória. Após a extração de DNA, procedeu-se à utilização de métodos de tipa-gem molecular tradicionais, bem como à Sequenciação Total do Genoma (Whole Genome Sequencing – WGS). A identif icação inequívoca das espécies bacterianas foi realizada por compara-ção com sequências depositadas na base de dados do National Center for Biotechnology Information (NCBI), através da ferra-menta BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi).Foi possível identif icar uma estirpe de P. aeruginosa, bem como uma estirpe de B. contaminans. A frequência de identif icação desta espécie de Burkholderia spp. tem vindo a aumentar nos últimos anos, nomeadamente em Portugal e em Espanha (7, 8).Atualmente, o doente encontra-se em fase terminal da sua doen-ça, com insuficiência respiratória crónica, com febre recorrente há 6 meses e broncorreia purulenta abundante; dependente de O2 e com necessidade de ventilação não invasiva 24h/dia; coexiste a desnutrição grave, diabetes, depressão e retrações musculares que quase impedem a marcha. A sua única oportunidade é o transplan-te pulmonar. Esta opção foi acordada em reunião multidisciplinar, tendo em conta as espécies bacterianas identificadas. artigos breves_   n. 1Referências bibliográficas:(1) Coenye T, Vandamme P. Diversity and signif icance of Burkholderia species occupying diverse ecological niches. Environ Microbiol. 2003;5(9):719-29(2) Chiappini E, Taccetti G, de Martino M. Bacterial lung infections in cystic fibrosis patients: an update. Pediatr Infect Dis J. 2014;33(6):653-4. (3) Govan JR, Brown AR, Jones AM. Evolving epidemiology of Pseudomonas aeruginosa and the Burkholderia cepacia complex in cystic f ibrosis lung infection. Future Microbiol. 2007;2(2):153-64.(4) Mahenthiralingam E, Baldwin A, Vandamme P. Burkholderia cepacia complex infection in patients with cystic fibrosis. J Med Microbiol. 2002;51(7):533-8.(5) De Soyza A, Meachery G, Hester KL, et al. Lung transplantation for patients with cystic fibrosis and Burkholderia cepacia complex infection: a single-center experience. J Heart Lung Transplant. 2010;29(12):1395-404. (6) Fehlberg LC, Andrade LH, Assis DM, et al. Per formance of MALDI-ToF MS for species identif ication of Burkholderia cepacia complex cl inical isolates. Diagn Microbiol Infect Dis. 2013;77(2):126-8. (7) Coutinho CP, Barreto C, Pereira L, et al. Incidence of Burkholderia contaminans at a cystic f ibrosis centre with an unusually high representation of Burkholderia cepacia during 15 years of epidemiological surveil lance. J Med Microbiol. 2015;64(8):927-35.  (8) Medina-Pascual MJ, Valdezate S, Carrasco G, et al. Increase in isolation of Burkholderia contaminans from Spanish patients with cystic fibrosis. Clin Microbiol Infect. 2015;21(2):150-6. Epub 2014 Oct 12.www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1198743X14000329 Doutor Ricardo JorgeNacional de Saúde_Instituto Observações_ Boletim Epidemiológico2ª série2015especial 6númeroInstituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, IP_Doenças Infeciosaswww.insa.pt

Sequenciação de Nova Geração no apoio à decisão de transplante pulmonar num doente com fibrose quística

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