Berruete Rodríguez, Isabel María

Bühlmann, A.

Cambra Alvarez, Miguel Angel

Collados Collados, Raquel

López Soriano, P.

López, M.M.

Olmos, Antonio

Palacio Bielsa, Ana

Palazón Español, María Luisa

Pham, K.

Van Doorn, J.

citaREA Repositorio Electrónico Agroalimentario

XVI Congreso de la Sociedad Española de Fitopatología, 17-21 septiembre 2012, Málaga  363 PAN-160 EVALUACIÓN DE LA EFICIENCIA DE LAS TÉCNICAS PCR A TIEMPO REAL Y LAMP PARA LA DETECCIÓN DE Xanthomonas arboricola pv. pruni EN MUESTRAS SINTOMÁTICAS DE ALMENDRO  Palacio-Bielsa, A.1, López-Soriano, P.2, Bühlmann, A.3, van Doorn, J.4, Pham, K.4, Cambra, M.A.5, Berruete, I.M.1, Collados, R.5, Palazón, M.L.5, Olmos, A.2, López, M.M.2  1Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón. Av. Montañana 930, 50059 Zaragoza. E-mail: apalaciob@aragon.es. 2Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias. Ctra. de Moncada a Náquera km 4,5, 46113 Moncada, Valencia. 3Agroscope Changins-Wädenswil ACW. Schloss 1, CH-8820 Wädenswil, Suiza. 4Wageningen University, Applied Plant Research, Prof. van Slogterenweg 2, 2161 DW, Holanda 5Centro de Sanidad y Certificación de Vegetales. Av. Montañana 930, 50059 Zaragoza.  Xanthomonas arboricola pv. pruni (Xap) es una bacteria de cuarentena en la Unión Europea causante de la mancha bacteriana de los frutales de hueso y almendro. Recientemente se han desarrollado dos protocolos para la detección de este patógeno, uno de ellos basado en PCR a tiempo real (PCR-tr) (Palacio-Bielsa et al., 2011) y otro en amplificación isoterma Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) (Bühlmann, com. personal). En este estudio se realizó un ring-test, en el que participaron cuatro laboratorios europeos, para la evaluación de los parámetros diagnósticos asociados a estas dos técnicas en muestras de almendro. Además, se analizaron dos modalidades de preparación del material vegetal empleando muestras directas de lavado de hojas y ADN purificado de los tejidos. La concordancia interlaboratorios para estas técnicas según el coeficiente kappa (Cohen, 1960) demostró que las muestras procedentes de lavados directos y sus diluciones 1:10 fueron las más reproducibles y coincidentes con valores kappa que variaron de 0,87 a 1,00. Sin embargo las muestras procedentes de los purificados de ADN revelaron una problemática asociada a este procedimiento en un laboratorio, con un rango de kappa que varió desde 0 hasta 1,00. Ésta se solventó para sus diluciones 1:10 y 1:100, con un rango de kappa que varió desde 0,87 a 1,00. Los resultados de las diluciones 1:100 procedentes de lavado de hojas pusieron en evidencia problemas en LAMP, con una concordancia que varió desde 0,47 hasta 0,84. La sensibilidad estimada en este ring-test para la PCR-tr fue de 98,3% y 89,3%, para lavados y extractos de ADN, respectivamente, y superior a la de LAMP, con valores de 85,9% y 58,0%, respectivamente. La especificidad de PCR-tr fue del 99,4% independientemente del tratamiento de las muestras, y la de LAMP fue del 100% para los lavados y del 99,2% para los extractos de ADN. En base a estos resultados, el protocolo de PCR-tr empleando los lavados de hojas de almendro resultó el más adecuado para la detección precisa y fiable de Xap en este ring-test.  

Evaluación de la eficiencia de las técnicas PCR a tiempo real y LAMP para la detección de Xanthomonas arboricola pv. pruni en muestras sintomáticas de almendro

http://citarea.cita-aragon.es/citarea/bitstream/10532/2009/2/2012_309resumen.pdf

Evaluación de la eficiencia de las técnicas PCR a tiempo real y LAMP para la detección de Xanthomonas arboricola pv. pruni en muestras sintomáticas de almendro

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