Durante la Edad Moderna, las Inquisiciones de España y de Portugal se vieron obligadas a mantener una comunicación constante, que permitió el intercambio regular de información relativa a posibles herejes, sobre todo judaizantes. Muchos más problemas generó el
espinoso asunto de la remisión de reos de
un reino a otro. A pesar de los intentos de
la Inquisición española, en el siglo XVI, y
de la portuguesa, en el XVII, para que se
estableciesen los casos y supuestos en
los que podrían extraditarse herejes,
nunca se llegó a firmar ningún acuerdo
entre los dos tribunales. Por ello, las
remisiones de reos de un reino a otro se
debieron siempre a la voluntad de los
sucesivos inquisidores generales, a las
estrategias concretas de cada tribunal de
distrito y a factores coyunturales