O aumento da população humana e o crescente desenvolvimento tecnológico tem conduzido a um excessivo consumo de água consequentemente associado à degradação dos ecossistemas aquáticos. Surge assim a necessidade de avaliar o estado dos ecossistemas aquáticos, através de programas de monitorização adaptados às diferentes realidades.
Nesse sentido foram desenvolvidas metodologias a nível nacional pelo Instituto da Água (INAG) para avaliação dos ecossistemas aquáticos, perfeitamente enquadradas nos requisitos da Directiva Quadro da Água (DQA - Directiva 2000/60/CE do Parlamento Europeu e do Conselho), segundo a qual os estados membros assumem o compromisso de alterar as estratégias tradicionais de utilização da água, facto que requer o desenvolvimento de uma nova concepção social e institucional sobre o valor da água., assim como o desenvolvimento de metodologias especificas para avaliação do estado das massas de água.
Ainda no âmbito desta directiva, os estados membros deverão desenvolver Planos de Bacia Hidrográfica, onde se obriga à classificação do estado das massas de água (ecológico e químico) com vista à recuperação de todas as que se classificam abaixo de Bom. Neste contexto, as comunidades biológicas adquirem uma importância acrescida, uma vez que reflectem as contaminações físicas e químicas (pontual ou difusa) e as alterações morfológicas estruturais (caudais, vegetação ripícola, geomorfologia).
No sul de Portugal (bacias hidrográficas do Sado/Mira e Guadiana), a avaliação do estado das massas de água rios efectuada nos anos de 2009 e 2010 no âmbito dos Planos de Bacia Hidrográfica, revelou que apenas 36% e 41% das massas de água rio apresentam Bom estado. Os principais elementos responsáveis pelas classificações indesejáveis foram os elementos biológicos (i.e diatomáceas e invertebrados bentónicos), o Fósforo Total e os níveis de Oxigénio Dissolvido. Consequentemente é necessário propor medidas para progressivamente reduzir a degradação, assim como propor medidas para prevenir a deterioração das massas de águas classificadas como Bom estado, sobretudo tendo em atenção que é objectivo da DQA que todas as massas de água atinjam o Bom estado até 2015
