El proceso de extracción de los ácidos nucleicos es un paso preliminar en todo el proceso diagnóstico molecular. En el trabajo clínico con el VIH, dicho proceso condiciona el flujo de trabajo y la respuesta de los distintos sistemas y plataformas que se usan con el virus.
En nuestro trabajo hemos establecido los parámetros de funcionamiento de los sistemas automáticos de extracción más frecuentemente utilizados. Para ello hemos utilizado un estándar, constituido por varias construcciones alternativas, generadas por mutaciones dirigidas sobre el plásmido pNL4.3, que tienen como base la estructura genómica del VIH-1. De esta forma hemos podido estudiar el proceso de extracción, y valorar las concentraciones, la pureza y la integridad de los ácidos nucleicos extraídos con los distintos sistemas y químicas empleados.
La mayor parte de los sistemas automáticos en uso utilizan nanopartículas magnéticas y absorción inespecífica.
Hemos desarrollado nanopartículas alternativas y estudiado las propiedades de magnetismo de las mismas. Con la finalidad de poder mejorar los rendimientos y mantener la integridad de las hebras obtenidas hemos recubierto estas nanopartículas tanto con materiales inorgánicos como orgánicos; también las hemos funcionalizado para mejorar sus condiciones de estabilidad, absorción y protección frente a las nucleasas.
Pudimos así estudiar y comparar varios tipos de nanopartículas magnéticas de características y tamaños diferentes.
De esta forma hemos conseguido lotes de partículas estándar, alternativas, que pueden evitar variabilidad en nuestro trabajo con el VIH
