Assemblage de génomes bactériens séquencés par NGS - Comparaison d’outils et choix de paramètres

Abstract

National audience● Les Méthodes de Séquençage de Nouvelle Génération (NGS) permettent de séquencer rapidement et à faible coût de nouvelles souches. → multiplication des outils d’assemblage de NGS (très nombreuses lectures courtes) + évolution rapide des techniques de séquençage. → nécessité de comparer les diverses stratégies d'assemblage sur un jeu de données commun. ● Objectifs de l’étude : → comparer deux stratégies d'assemblage des régions spécifiques. → évaluer diverses méthodes de nettoyage des lectures (l’assembleur de novo choisi ne prenant pas en compte la qualité des données). → déterminer la couverture minimale suffisante lors d’études de détection de nouveaux gènes