Cantero, Laura

Dionís, Esther

Ortiz, Javier

Sánchez del Pino, Manuel M.

Valero, M. Luz

Repositorio Institucional de la Universidad de Córdoba

108 3527(Ï0,&$1Ò0(52)(%5(525. PROTEÓMICA MICROBIANA Y DE PARÁSITOSCoordinadores: Aída Pitarch, Antonio Marcilla, Ana Oleaga y Manuel Rodríguez5.1 Aspectos generalesProblemas en el análisis proteómico de muestras procedentes de organismos ‘raros’María Luz Valero1, Javier Ortiz2, Esther Dionís1, Laura Cantero1, Manuel Mateo Sánchez del Pino11Laboratorio de Proteómica.  Centro de Investigación Príncipe Felipe. Avda. Autopista del Saler 16.  46012 Valencia. 2SCSIE. Universitat de Valencia/RVPpWRGRVDFWXDOHVGHLGHQWL¿FDFLyQGHSUR-teínas se basan generalmente en la comparación de la información de MS (o MS/MS) obtenida con la información de secuencias de proteínas que existe en diferentes bases de datos. Aunque algunas bases de datos incluyen un ele-vado número de proteínas, como por ejemplo NCBI con aproximadamente 8500000 secuencias, no todos los organismos están representados por igual. Así, en NCBI existen 508911 proteínas humanas y el número decae drásticamente hasta 110313 para rata, un organismo ampliamente utilizado en experimen-tación. Y el número es mucho menor para otros organismos de alto interés como parásitos (54542 entradas para Trematoda), vegetales (13955 para Citrus) o especies marinas de alto interés económico (2353 entradas para Clavicipitaceae).En muchos casos es necesario recurrir a la se-cuenciación de novo que requiere de espectros de MS/MS de gran calidad y es costosa en cantidad de muestra y tiempo de análisis, por lo que su aplica-bilidad es limitada. Aún así existen algunas estrategias que pueden apli-carse en el caso de disponer sólo de información de MS y MS/MS parcial. En algunos casos pueden utilizarse herramientas químicas para la mejora de los espectros de MS/MS. Mientras que en otros las herramientas son bioinformáticas, y nos permitirán obtener más informa-ción de las diferentes bases de datos existentes.5.2 Proteómica de MicroorganismosA) Proteómica de BacteriasPreparación de extractos proteicos bacterianos para el análisis de glicoproteínas PHGLDQWHJHOHVELGLPHQVLRQDOHV\FURPDWRJUDItDVGHD¿QLGDGAlfonso Olaya, Lidia Gómez-Gascón, Manuel J. Rodríguez-OrtegaDepartamento de Bioquímica y Biología Molecular. Facultad de Veterinaria, Universidad de Córdoba ResumenLas glicoproteínas bacterianas, por sus funcio-nes y localización, son potenciales dianas para vacu-nas. Sin embargo, su estudio mediante electroforesis ELGLPHQVLRQDO \ FURPDWRJUDItDV GH D¿QLGDG ELHQmediante la química de la hidrazida y del ácido aminofenilborónico o bien mediante reconocimien-

Problemas en el análisis proteómico de muestras procedentes de organismos "raros"

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