Albar-Ramírez, Juan Pablo

Carazo, J.M.

Martínez-Bartolomé, Salvador

Medina, J.A.

Repositorio Institucional de la Universidad de Córdoba

58 PROTEÓMICA • NÚMERO 1 • FEBRERO 20084. BIOINFORMÁTICAHerramienta online de generación y almacenamiento de documentos MIAPEMartinez-Bartolome, S., Medina, J.A., Carazo J.M. y Albar J.P.La PSI (Proteomics Standards Initiative), se creó como grupo de trabajo de la HUPO (HUman Proteome Organization) en el 2002 con el principal objetivo de defi nir estándares de representación de datos en Proteómica para facilitar su comparación, intercambio y/o verifi cación. PSI trabaja en el desa-rrollo de estándares en Proteómica principalmente en tres áreas: la representación de datos (formatos de almacenamientos de datos proteómicos están-dares), el desarrollo de vocabularios controlados u ontologías, y la defi nición de una serie de directrices con respecto a la mínima información necesaria para describir, y en su caso reproducir en lo posible, un experimento proteómico. Estas directrices se descri-ben en los llamados documentos MIAPE (Minimum Information About a Proteomics Experiment) (Chris F. Taylor, 2007), específi cos para cada técnica pro-teómica. Varias revistas científi cas han empezado también a defi nir sus propias directrices (Wilkins, M.R. et al, 2006), (Bradshaw, R.A. et al, 2006), y cada vez es más común la obligatoriedad de almace-nar los datos proteómicos en un repositorio público (Prince, J.T. et al, 2004), (Garwood, K. et al, 2004), (Hermjakob, H. et al, 2006) antes de su publicación en una revista, asegurando así, su persistencia y su máxima usabilidad.Desde un principio, en ProteoRed hemos querido participar activamente en las actividades del HUPO-PSI, y aplicar en lo posible las estandarizaciones a nuestros laboratorios. Uno de nuestros objetivos es estandarizar el informe de resultados que cada ser-vicio aporta a sus clientes, conteniendo la mínima información defi nida en los documentos MIAPE para cada técnica. Por ello, en el grupo de trabajo de Bioinformática de ProteoRed, hemos desarrollado una herramienta que facilita la generación de infor-mes bajo las directrices MIAPE. Esta herramienta, accesible vía web, permite crear y almacenar online varios tipos de documentos MIAPE. Debido a que gran parte de la información contenida en estos documentos es común para distintos experimentos (composición de los búferes utilizados, parámetros de motores de búsqueda, etc…), la herramienta per-mite acceder y utilizar fácilmente información ya introducida en otros documentos, evitando así la ar-dua tarea de escribir en los formularios los mismos datos cada vez que queramos generar un documento de este tipo. La herramienta estará disponible para la comunidad científi ca en general en un tiempo ra-zonablemente corto a través de la web http://www.proteored.org, e irá actualizándose paralelamente al trabajo del grupo HUPO-PSI en los documentos MIAPE. Actualmente, es posible la generación de los documentos MIAPE GE (Gel Electrophoresis), GI (Gel Informatics), MS (Mass Spectrometry) y MSI (Mass Spectrometry Informatics).BibliografíaBradshaw, R. A., A. L. Burlingame, et al. (2006). Mol Cell Proteomics 5: 787-8.Chris F Taylor, Norman W Paton, Kathryn S Lilley, et al. (2007) Nat Biotechnol 25: 887-893Garwood, K., T. McLaughlin, et al. (2004). BMC Genomics 5: 68.Hermjakob, H. and R. Apweiler (2006). Expert Rev Proteomics 3: 1-3.Prince, J. T., M. W. Carlson, et al. (2004). Nat Biotech-nol 22: 471-2.Wilkins, M. R., R. D. Appel, et al. (2006). Proteomics 6: 4-8.

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