Recombinaison expérimentale intra-et interespèce chez les Rhinovirus et Quantification d'ARN de Rhinovirus par RT-PCR en temps réel

Abstract

Les rhinovirus sont des petits virus à ARN positif appartenant au genre Enterovirus de la famille des Picornaviridae, caractérisée par une importante variabilité génétique acquise par mutation et recombinaison. La première partie de cette thèse est consacrée à l'étude de la recombinaison des rhinovirus en utilisant des génomes chimériques synthétisés in vitro ainsi que la recombinaison non réplicative, résultant de la co-transfection de génomes défectifs complémentaires. Nous avons ainsi observé que la région 5'non codante est interchangeable entre membres d'espèces differentes, alors que seule la recombinaison intraespèce semble viable dans la région codante. Les sites de recombinaison obtenus sont décrits. La seconde partie de ce travail consiste en une analyse critique des erreurs possibles liées à la quantification d'ARN de rhinovirus dans des échantillons cliniques par RT-PCR en temps réel. Différentes expériences de validation montrent qu'une quantification relative est possible avec une marge d'erreur de plus ou moins 10%