Application et utilisation de différentes méthodes de spectrométrie de masse en microbiologie clinique

Abstract

L'attente des résultats de culture peut être un supplice pour les cliniciens confrontés à un patient septique ou une épidémie naissante. Diverses applications de spectrométrie de masse (MS) pourraient répondre à leurs attentes. La 1ère permet l'identification rapide (1-2 min au lieu de 24-72h) d'une culture de microbes. Elle est basée sur l'analyse de signatures moléculaires plutôt que de traits phénotypiques, et se nomme "Matrix-Assisted Laser Désorption / Ionisation Time-of-Flight Mass Spectrometry" (MALDI-TOF MS). La 2ème, nommée "MALDI-Resequencing" (MALDI-RE), permet le génotypage d'un germe avec une précision comparable au "multilocus sequence typing" (MLST) mais dans un délai bien plus court. La 3ème devrait permettre l'identification directe, avant culture, de pathogènes dans les liquides biologiques, grâce au couplage PCR - analyse des amplicons par MS (PCR-ESI-MS). Ce travail de thèse analyse une révolution : l'entrée de la spectrométrie de masse en bactériologie clinique