The PCR-amplified 16S-23S rDNA intergenic spacer regions (ISRs) of Acidithiobacillus ferrooxidans, A. thiooxidans, and A. caldus strains were scquenced and evaluated for differentiation and identification of these bacteria. The total length of the 16S-23S ISRs of A. ferrooxidans and A. thiooxidans strains and A.caldus GO-1 were 441, 456, nd 379bp, respectively. Two genes. encoding tRNA and tRNA, and the box A-like sequences were highly conserved in the ISRs of all Acidithiobacillus species. The restriction fragment length polymorphism (RFLP) profiles of the PCR-amplified 16S-23S rDNA ISRs digested by HaeIII and AluI could clearly discriminate A. ferrooxidans from A. thiooxidans and A. caldus. The results indicated that RFLP analysis of the 16S-23S ISRs is an easy and rapid method for discrimination and identification of Acidithiobacillus species.Acidithiobacillus ferrooxidans，A.thiooxidansおよびA.caldusの16S-23S rDNAスペーサー領域の塩基配列を決定し，これらのバクテリアの識別・同定への有効性を評価した．A.ferrooxidans，A.thiooxidansおよびA.caldusのスペーサー領域の長さは，それぞれ441，456および379bpであった．３種のAcidithiobacillusスペーサー領域では，tRNA，tRNAをコードする遺伝子の塩基配列が高度に保存されていた．PCR増幅した16S-23S rDNAスペーサー領域をHaeおよびAluで酵素処理することによって得られた断片の解析によって，A.ferrooxidansをA.thiooxidansとA.caldusから識別できた．Acidithiobacillus種の16S-23S rDNAスペーサー領域の制限断片長多型解析は，Acidithiobacillus属の種の同定およびA.ferrooxidansに属する株の同定のための迅速で，技術的に簡便な方法であることが明らかとなった
