Доцільність застосування пробіотиків в медичній практиці останні роки ставится під сумнів багатьма вченими та лікарями. Не дивлячись на масштабні дослідження у цій сфері спірним залишається питання наскільки обгрунтованим є широке їх використання у різних сферах медицини. Так, пробіотики, застосовуються в лікуванні шлунково-кишкових захворювань як допоміжна терапія в лікуванні коліту, ентериту, синдрому подразненого кишечнику, а також в лікуванні так званого дисбактеріозу, який відсутній як термін в МКХ10 і в зарубіжній медицині ( в зарубіжній медицині використовують майже тотожній термін- синдром надмірного бактеріального росту – СНБР, який ,до речі також відсутній в МКХ- 10), в лікуванні антибіотико-ассоційованної діареї(ААД) і в алергології, імунології та широко застосовуються в практиці сімейних лікарів та педіатрів. Вважається, що кишкова флора людини індивідуальна і вживання різних форм пробіотиківперорально не може вплинути та змінити флору людини та, що з часом флора сама відновлюється і застосування пробіотиків є недоцільним. Дані вчених є суперечними- одні дослідження показують, що застосування пробіотиків є високоефективним, інші - що ні
