Recherche de marqueurs génétiques et évaluation de la variabilité génétique dans le cadre d'un programme de sélection de l'huître plate Ostrea edulis au parasite Bonamia ostrea

Abstract

Dans le cadre du projet de relance de l'huître plate en France, projet mené par l'IFREMER et soutenu par les régions Bretagne et Poitou-Charentes, un programme de sélection pour la recherche de résistance au Bonamia ostreae, protozoaire parasite ayant entraîné une diminution importante des stocks cultivés, a été engagé à partir de 1985. Deux populations ont ainsi été sélectionnées et présentent maintenant des signes de résistance (ou de tolérance) accrue par rapport aux témoins du milieu naturel. Dans le cadre de ce programme, l'identification de marqueurs moléculaires a été initiée à partir d'octobre 1993 (Naciri et al, 1995). Mon sujet de thèse s'inscrit dans cette continuité. Mon travail s'articule en 2 parties: -  Dans un premier temps, la recherche de marqueurs moléculaires du génome, essentiellement marqueurs microsatellites, basés sur l'utilisation de sondes monolocus pour des séquences correspondant à la répétition en tandem, et en n exemplaires, de deux paires de bases (par exemple (CA)n/(TG)n). Ces marqueurs sont potentie\1ement neutres, répartis dans tout le génome et en général fortement polymorphes. - Dans un deuxième temps, leur utilisation dans le cadre du programme de sélection: • En évaluant le taux de polymorphisme présent dans les populations sélectionnées. • En débutant une cartographie du génome de l'huître plate Ostrea edulis. En raison du nombre très important de marqueurs nécessaires pour un tel travail, l'objectif sera réduit à la mise en évidence de groupes de liaison. • En recherchant un éventuel marqueur de la résistance et/ou tolérance à la bonamiose par l'analyse d'individus de structures familiales appropriées ("F2" issues de croisement entre populations résistantes et populations sensibles). Au terme d'un an et demi de travail, les résultats portent sur deux points: • Production du matériel biologique. L'essentiel du matériel biologique nécessaire à cette étude, à savoir principalement les nouvelles générations de sélection et leur témoin, ainsi que les familles prévues pour la recherche d'un marqueur de résistance, a été produit à l'éc\oserie de La Tremblade et est actuellement en élevage dans différentes stations (La Tremblade, Bouin, La Trinité sur Mer). La menace d'Herpès virus qui pèse sur ces lots n'est cependant pas écartée. • Recherche de marqueurs. Un séjour de 4 mois au Laboratoire Génome et Populations, dans le cadre de l'URM N° 16, a permis la réalisation d'une nouvelle banque génomique partielle d'Ostrea edulis. L'exploitation de cette banque a conduit à l'identification de 33 nouveaux microsatellites, qui s'ajoute aux 12 identifiés par Naciri et al (1995). Les premiers essais d'amplification laisse espérer qu'une vingtaine au moins de marqueurs de ce type pourront être utilisés en routine. Les projets d'évaluation de la variabilité génétique et surtout de cartographie de liaison s'en trouvent consolidés