Rindt, C.C.M.

NARCIS 

Supercomputer-project SC-84: verslag van werkzaamheden

Rindt, CCM Camilo

Repository TU/e

Supercomputer-project SC-84:verslag van werkzaamheden

Pure OAI Repository

 Supercomputer-project SC-84Citation for published version (APA):Rindt, C. C. M. (1987). Supercomputer-project SC-84: verslag van werkzaamheden. (DCT rapporten; Vol.1987.086). Technische Universiteit Eindhoven.Document status and date:Gepubliceerd: 01/01/1987Document Version:Uitgevers PDF, ook bekend als Version of RecordPlease check the document version of this publication:• A submitted manuscript is the version of the article upon submission and before peer-review. There can beimportant differences between the submitted version and the official published version of record. Peopleinterested in the research are advised to contact the author for the final version of the publication, or visit theDOI to the publisher's website.• The final author version and the galley proof are versions of the publication after peer review.• The final published version features the final layout of the paper including the volume, issue and pagenumbers.Link to publicationGeneral rightsCopyright and moral rights for the publications made accessible in the public portal are retained by the authors and/or other copyright ownersand it is a condition of accessing publications that users recognise and abide by the legal requirements associated with these rights.            • Users may download and print one copy of any publication from the public portal for the purpose of private study or research.            • You may not further distribute the material or use it for any profit-making activity or commercial gain            • You may freely distribute the URL identifying the publication in the public portal.If the publication is distributed under the terms of Article 25fa of the Dutch Copyright Act, indicated by the “Taverne” license above, pleasefollow below link for the End User Agreement:www.tue.nl/taverneTake down policyIf you believe that this document breaches copyright please contact us at:openaccess@tue.nlproviding details and we will investigate your claim.Download date: 08. Jul. 2024WFW 87.086 Supercomputer-proiect SC-84: verslacr van werkzaamheden C . C . H .  Bindt Vakgroep Fundamentele Werktuigkunde Technische Universiteit Eindhoven. In1 eid inq Binnen de werktuigbouwkunde is de eindige elementen methode (EEN) een veel toegepaste techniek om een stelsel partiele differentiaalvergelijkingen op te lossen. Deze techniek leidt tot een stelsel (niet-)lineaire vergelijkin- gen met als onbekenden, benaderingen voor de gezochte oplossing in een aan- tal discrete punten. Om dit stelsel op te lossen zijn in het verleden diver- se methoden ontwikkel6 waaronder de alom bekende eliminatiemethode van Gauss en de iteratiemethode van Newton-Raphson. Voor 2-dimensionale problemen leidt bovenstaande techniek in het algemeen tot stelsels lineaire verge- lijkingen die binnen een redelijk tijdsbestek kunnen worden opgelost met de op de TUE aanwezige computers. Voor 3-dimensionale problemen echter kan deze methode tot dermate grote stelsels vergelijkingen leiden dat het oplossen ervan nauwelijks nog t.ot de mogelijkheden behoort. Het oplossen van zulke problemen op een supercomputer lijkt dan ook een noodzaak. Een van de onderzoeksprojecten die veelvuldig gebruik maakt van de eindi- ge elementen rnethode is het binnen de faculteit W lopende project "Atfieros- clerose". Binnen dit project vindt onderzoek plaats naar het stromingsgedrclg van bloed in de halsslagadervertakking. Hiertoe zijn zowel experimenteel als numeriek modellen ontworpen om deze stroming te analyseren. Experimenteel zijn in het verleden met laser-Boppler anemometrie richt aan een stationaire en instationaire stroming in een star 2 dimensio- naal model van de halsslagadervertakking. Numeriek zijn deze stromingen be- rekend met de eindige elementenmethode en de overeenkomsten tussen de expe- rimenteel gemeten snelheden en de numeriek gevonden waarden waren goed. In 3 dimensies is gemeten aan een stationaire stroming in een bocht en in een model var2 de halsslagadervertakking. Numeriek zijn alleen berekeningen uit- gevoerd aan een stationaire stroming in een bocht. De stroming in een bocht is binnen het atherosclerose project van belang omdat deze overeenkomsten vertemt met de optre6ende strominysfenomenen in een vertakking. Vanvege snelheidsmetingen ver- 2. zijn relatief simpele geometrie ten opzichte van de geometrie van de hals- slagadervertakking, is de numerieke analyse van de bochtstroming ook op standaard computers haalbaar. De stroming in een bocht is dermate complex dat het modelleren ervan op een computer leidt tot een zeer groot stelsel vergelijkingen. Voor het fysi- sche probleem van een stationaire inlaatstroming in een 90O-bocht bij een Reynoldsgetal van 500 waren op een Apollo-minicomputer (DSP90) ongeveer 15 dagen CPU en 30 dagen I/O nodig (van de Vosse, 1987) .  De onderhavige pilot- studie heeft tot doel om laatst genoemde berekening aan een stationaire stroming in een bocht nogmaals uit te voeren op een supercomputer, de CYBER- 205, en de benodigde rekentijden te vergelijken met de rekentijden op een APOLLO-DSP90. Aan de hand van deze resultaten kan dan bekeken worden of het mogelijk is om een instationaire stroming in een bocht en een stationaire en instationaire stroming in een halsslagadervertakking te berekenen met behulp van een supercomputer. Voor het opstellen en het oplossen van het stelsel lineaire vergelijkingen dat de stroming in een bocht beschrijft, wordt ge- bruik gemaakt van het eindige-elementenpakket CEPRAN. Eerst zal in het kort beschreven worden hoe de matrix vergelijkingen binnen SEPRAN worden opgelost en de I/O-problemen die daarbij komen kijken. Daana volgen de resultaten m.b.t. de stroming in een bocht en worden enige conclusies getrokken m.b.t. de voortzetting van het onderzoek. Oplosalqoritme Binnen het eindige-elementenpakket SEPRAN, wordt de matrixvergelijking opge- steld en opgelost op een wijze zoals beschreven door Cuvelier et al. 1986. Daarbij is gebruik gemaakt van een boetefunctieformulering van de continui- teitsvergelijking en een 27-knoops element (v.d. Vosse, 1987) .  Vanwege de slechte conditie van de resulterende matrix is gekozen voor het rechtstreeks oplossen van de matrixvergelijking met LU-decompositie en niet voor een ite- ratieve methode. De benodigde CPU-tijd ter oplossing van het stelsel komt, zoals te verwachten, hoofdzakelijk voor rekening van de LU-decompositie. Naast de gebruikte CPU-tijd is ook de gebruikte I/û-tijd van belang. Het grootste gedeelte van de gebruikte I/O-tijd ontstaat doordat niet alle data .I T I - P ~ V P  kumrr, worden gehouder! en gebruik gemaakt moet worden van het virtu- ele geheugen. De data overdracht tussen het in-core en het virtuele geheugen 3 .  vindt op de CYBEK-205 plaats door middel van small of large page faults. Bij een small page fault wordt een pagina met 2048 woorden vanuit het in-core geheugen naar het virtuele geheugen geschreven en vice versa' bij een large page fault een pagina met 65536 woorden. Een large page fault is relatief 3 maal goedkoper dan een small page fault. Een page fault ontstaat als data nodig zijn die in het virtuele geheugen staan en niet in-core aanwezig zijn. Het operating system bepaalt dan welke pagina het langst niet gebruikt is en schrijft deze naar het virtuele geheugen. De vrijgekomen ruimte wordt opge- vuld door de pagina waarvan de data op dat moment in-core nodig zijn. De meeste page faults worden gemaakt bij het initialiseren van de matrix op nul, bij het opstellen van de matrix, bij het LU-decomponeren en bij het oplossen van de matrix vergeiijking. We zullen nu wat nader stil staan bij het aantal benodigde page faults voor ons probleem, teneinde een schatting te kunnen maken van de grootte van het probleem dat met de CYBER-SO5 effi- cient kan worden opgelost. De matrix binnen SEPRAN wordt opgeslagen in een I-dimensionaal array waarbij de matrix elementen van de j-de rij gevolgd worden door de matrix elementen van de ]-de kolom. Bi] deze opslag is rekening gehouden met het profiel van de matrix. Om de hierna volgende berekening eenvoudig te houden, wordt verondersteld dat de matrix een bandmatrix is met een gemiddelde band- breedte b gelijk aan het aantal matrix elementen gedeeld door het aantal onbekenden N. In figuur 1 wordt de situatie geschetst zoals die optreedt na LU-decompositie van de eerste j-1 rijen en kolommen. I J Fiquur 1 4 .  Om de ]-de rij met L-elementen te berekenen zijn de j-de rij met L-elementen en de verticaal gearceerde driehoek met U-elementen nodig. Om de j-de kolom met U-elementen te berekenen zijn de j-de kolom met U-elementen en de hori- zontaal gearceerde driehoek met L-elementen nodig. Dus om de j-de rij en 2 kolom LU te decomponeren zijn bij benadering 1 / 4  b elementen nodig. Om de LU-decompositie van de j-de rij en kolom in-core uit te voeren, moeten mini- 2 maal 1/2 b elementen in-core aanwezig zijn. Door de manier van opslaan van de matrix elementen in het array zijn namelijk ook de schuin gearceerde ge- bieden in-core aanwezig, hoewel ze niet meedoen aan de LU-decompositie van de j-de rij en kolom. A l s  we er van uit gaan dat de CYBER-205 720.000 woor- den aan in-core geheugen beschikbaar heeft voor de opslag van de-matrix ele- menten, dan betekent dit dat met dit algoritme problemen efficient kunnen worden opgelost zolang de bandbreedte kleiner is dan ongeveer 1.200. Bij grote bandbreedtes ontstaan veel page faults waardoor de I/O-tijd sterk op- loopt. Stel, ter illustratie van voornoemde schatting, dat van probleem 1 de bandbreedte b gelijk is aan 1.200 en het aantal onbekenden N gelijk aan 5.000. De LU-decompositie van rij en kolom j zal dan nog net in-core uitge- voerd kunnen worden en het aantal page faults PF na totale LU-decompositie zal bij benadering het aantal matrix elementen gedeeld door de grootte van een pagina bedragen. Voor small pages bedraagt PF dan ongeveer 3.000. Stel nu dat voor probleem 2 de bandbreedte b gelijk is aan 1.500 en het aantal onbekenden N gelijk aan 4.000. Het totale aantal matrix elementen blijft dan constant. De factor 1/2 b is voor dit probleem echter gelijk aan 1.125.000 waardoor ongeveer 400.000 elementen out of core zijn voor de LU-decompositie van rij en kolom j. Omdat het operating system pagina's naar het virtuele geheugen schrijft die het langst niet gebruikt zijn, moet het totale blok 2 van 1/2 b elementen per rij ge-paged worden. Dit betekent dat om rij en kolom j LU te decomponeren ongeveer 550 small page faults uitgevoerd moeten worden. Om de totale matrix LU te decomponeren zijn dus 4.000 maal 550 is 2.200.000 small page faults nodig. Voor deze small page faults zou op de CYBER-205 ruim 6 uur rekentijd afgerekend moeten worden. 2 5. Resultaten Stromingsproblemen in starre configuraties worden beschreven door de Mavier-Stokes-vergelijking en de continuiteitsveryelijking. Met behulp van de eindige-elementenmethode wordt een matrix vergelijking opgesteld met de gezochte oplossing in een aantal discrete punten als onbekenden. Deze dis- crete punten worden vastgelegd middels een elementenverdeling. De niet-line- aire Navier-Stokes-vergelijking wordt iteratief opgelost waarbij de oplos- sing van de lineaire Stokes-vergelijking als start-oplossing dient. Om ervaring op te doen met de CYBER-205 is eerst de stroming berekend in een 2D-bocht. Figuur 2 toont de element-verdeling. x Onderstaande tabel geeft de benodigde rekentijden per iteratieslag op de CYBER-205 en de APOLLO-DSP90. Weergegeven zijn de rekentijden binnen subrou- tine SOLVE, die de LU-decompositie verzorgt en de oplossing berekent, en de benodigde rekentijd voor de OVERHEAD zoals het inlezen van de elementen-ver- deling en het opstellen van de matrix. 2D-bocht: 160 elementen CYBER-205 APOLLO-DSP90 1‘4 S 121 s SOLVE OVERHEAD 1,3 S 30 s Vervolgens is een 3-D testprobleem geformuleerd bestaande uit 112 elementen. FFyuur 3 geeft de elementen-verdeling veer deze 3P-bocht. X 6 .  Figuur 3 ~~ ~ De grootte van het array waarin de matrix is opgeslagen bedroeg voor dit probleem ongeveer 1.700.000, zodat het probleem niet meer in-core kon worden opgelost en dus page Zaults een belangrijke r o l  gaan spelen. Voor 100 small page faults moet 1 S rekentijd betaald worden. Onderstaande tabel geeft de waarden voor de benodigde rekentijden per iteratieslag op de CYBER-205 en de APOLLO-DSPSO, tesamen met de I/O-tijd voor de CYBER-SO5 per iteratieslag. De benodigde 1/0 voor dit probleem op een APOLLO-DSP90 is niet bekend. 3D-bocht: 112 elementen CYBER- 205 APOLLO-DSP90 38  s 12.300 S 13 S 1.370 S SOLVE OVERHEAD - I /o 46 S Tenslotte is de 3D-bocht doorgerekend bestaande uit 220 elementen. Figuur 4 geeft de elementen-verdeling. X Figuur 4 7. Al eerder is aangegeven dat voor een bandbreedte groter dan 1.200 problemen ontstaan ten aanzien van de I/û. Vanwege de gekozen ongunstige knooppuntnum- mering bedroeg de gemiddelde bandbreedte voor dit probleem ongeveer 1.125 en traden problemen op bij de LU-decompositie. Na 1.000 S was de LU-decomposi- tie pas gevorderd tot rij 2.080 van de in totaal 4.950 rijen. ïn deze 1.000 S waren ongeveer 90.000 small page faults gemaakt. De problemen met de I/O voor deze bandbreedte van 1.125 ontstaan waarschijnlijk omdat locaal de bandbreedte groter is dan 1.200. Dit probleem echter moet nog nader worden onderzocht door in een eventuele vervolgstudie door het profiel van de ma- trix te bekijken. Door een andere nummering van de onbekenden toe te passen kon de gemiddelde bandbreedte teruggebracht worden tot ongeveer 850. Hier- door ontstonden geen problemen met de 1/0. Onderstaande tabel geeft weer de benodigde rekentijden en I/O-tijden per iteratieslag voor de CYBEK-205 en de ~~ APOLLO-DSP90. 3D-bocht: 220 elementen CYBER-205 APOLLO-DCP90 SOLVE 112 s 24 uur OVERHEAD 17 S If0 135 s 48 uur De tabel laat zien dat de totale winst in CPU- en IfO-tijd ongeveer een fac- tor 1.000 bedraagt. In figuur 5 worden tenslotte de resultaten gegeven van de berekende axia- le en secundaire snelheidsvelden van de stroming in een 3D-bocht voor een Reynolds-getal van 100. Er zijn 6 iteraties uitgevoerd ( 1  Stokes, 5 Navier- Stokes) die op een APOLLO-DSP90 ongeveer 6 dagen CPU- en 12 dagen I/O-tijd vergden. Op de Cyber-205 bedroegen deze tijden respectievelijk 780 S en 810 S .  De gevonden oplossingen op de CYBER en de APOLLO waren exact hetzelfde. Re=iOO, ~ = 4 1  numerical O I o e=?! I a=; axiaal 4 8 .  O I 8=0 O I e 2 4 O T 6=5 secundair Figuur 5 Conclusie Uit deze pilot-studie blijkt dat de beoogde versnelling van het rekenproces, ter oplossing vande gediscretiseerde Navier-Stokes en continuiteitsverge- lijking, haalbaar is mits de bandbreedte van de resulterende matrix de waar- de 1200 niet overschrijdt. In dat geval bedraagt de winst in CPU- en IfO- tijd van de CYBER-205 t.o.v. de APOLLO-DSP90 een factor 1000. Echter deze winst gaat grotendeels verloren als de bandbreedte die waarde van 1200 over- schrijdt. Vanwege het dan benodigde grote aantal page faults kan de tijd- winst inzakken t o t  een factor 20-50. Het onderzochte stromingsprobleem (in- laatstroming in een bocht) correspondeert met een bandbreedte die net onder die grenswaarde ligt, de stroming in de halsslagadervertakking eorrespon- deert echter met een bandbreedte die daar ver boven ligt. M.b.t. de voortzetting van het onderzoek wordt dan ook gesteld dat de analyse van de instationaire stroming door een bocht haalbaar is en vanwege diens belang voor het begrijpen van het stromingsgebeuren in de halsslag- adervertakking ook zeer wenselijk is. De analyse van de stroming in de ver- takking heeft echter weinig zin op de CYBER 205. üaartoe moeten eerst of het oplosalgoritme worden aangepast of het in-core geheugen van de CYBER-205 worden uitgebreid. Dit laatste heeft naar onze mening, ook in het belang van andere projecten, veruit de voorkeur. Referenties . Cuvelier C . ,  Segal A. and van Steenhoven A.A.: Finite element methods and Navier-Stokes equations. Dordrecht, Reidel Publ. Comp., 1986. . v2~ ;  de Vosse F.?!.: ?!Umerical analysis of carotid aiitery flow. Dissertatie TU Eindhoven, 1987. 

Supercomputer-project SC-84:verslag van werkzaamheden

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

NARCIS

Repository TU/e

Pure OAI Repository

Pure OAI Repository