This study aimed to investigate the occurrence of micronuclei (MN) and erythrocyte nuclear abnormalities (ENAs) in natural and captive Kinosternon scorpioides populations and compare their frequencies with the environment type, sex, and seasonal period in an environmental protection area in the state of Maranhão, Amazon. Blood was collected from 112 specimens from regions with direct anthropogenic influence and indirect and control areas to produce blood smears for subsequent cytological analysis under an optical microscope. We found MN (N=91) and ENAs such as binucleated nuclei (N=14), notched (N=81), lobulated (N=35), segmented (N=16), and displaced (N=253) in animals in situ. No abnormalities were recorded in the erythrocytes of the captive specimens. The mean (±standard deviation) MN (1.13±0.47) differed from those of the other chelonians from the natural environment, and the displaced and binucleated nuclei manifested themselves at higher (51.6%) and lower (2.8%) frequencies, respectively. Lobulated nuclei frequency was significantly different between the areas (p<0.05); segmented nuclei (p<0.05) and displaced (p<0.05) had higher frequencies during the dry and rainy periods. Sex did not affect these abnormalities. No significant MN were found; however, erythrocytes with lobulated, segmented, and displaced nuclei were documented in animals from different environments and seasonal periods. Our study provides pioneering data on MN and nuclear anomalies in the erythrocytes of K. scorpioides and confirms the significant differences and relationships between them. The occurrence of abnormalities in wild animals demonstrates the need to maintain protected areas and the continuity of conservation actions aimed at Amazonian turtles. This contributes to reducing the impact on conservation units that employ the sustainable use of biodiversity in Brazil.Este estudo teve como objetivo investigar a ocorrência de micronúcleos (MN) e anormalidades nucleares eritrocitárias (ANEs) em populações naturais e de cativeiro de Kinosternon scorpioides e comparar suas frequências com o tipo de ambiente, sexo e período sazonal em uma área de proteção ambiental no estado do Maranhão, Amazônia. O sangue foi coletado de 112 espécimes de regiões com influência antrópica direta e áreas indireta e de controle para produzir esfregaços de sangue para posterior análise citológica em microscópio óptico. Encontramos MN (N=91) e ANEs como núcleos binucleados (N=14), entalhados (N=81), lobulados (N=35), segmentados (N=16) e deslocados (N=253) em animais in situ. Nenhuma anormalidade foi registrada nos eritrócitos dos espécimes em cativeiro. A média (± desvio padrão) de MN (1,13±0,47) diferiu daquelas dos outros quelônios do ambiente natural, e os núcleos deslocados e binucleados se manifestaram em frequências maiores (51,6%) e menores (2,8%), respectivamente. A frequência de núcleos lobulados foi significativamente diferente entre as áreas (p<0,05); núcleos segmentados (p<0,05) e deslocados (p<0,05) apresentaram frequências maiores durante os períodos seco e chuvoso. O sexo não afetou essas anormalidades. Nenhum MN significativo foi encontrado; no entanto, eritrócitos com núcleos lobulados, segmentados e deslocados foram documentados em animais de diferentes ambientes e períodos sazonais. Nosso estudo fornece dados pioneiros sobre MN e anomalias nucleares nos eritrócitos de K. scorpioides e confirma as diferenças e relações significativas entre eles. A ocorrência de anormalidades em animais silvestres demonstra a necessidade de manutenção de áreas protegidas e a continuidade das ações de conservação voltadas para os quelônios amazônicos. Isso contribui para a redução do impacto em Unidades de Conservação que utilizam a biodiversidade de forma sustentável no Brasil
