به منظور مطالعه تنوع ژنتیکی زعفران، شش اکوتیپ زراعی از نقاط مختلف استان خراسان رضوی (مشهد، تربتجام، گناباد و تربتحیدریه) و استان خراسان جنوبی (قاین و بیرجند) تهیه و با استفاده از نشانگرهای مولکولی iPBS و SSR مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج تجزیههای مولکولی نشان داد که 28 نشانگر iPBS و 22 نشانگر SSR به ترتیب 179 و 44 آلل چندشکلی را شناسایی نمودند و تعداد باندهای تکثیر یافته برای هر نشانگر به ترتیب 10-3 (میانگین 4/6) و 3-1 (میانگین 2) بود. همچنین میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی نشانگرهای iPBS و SSR به ترتیب 79/0 و 40/0 تخمین زده شد. از طرفی، نتایج تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که بر اساس نشانگر iPBS واریانس درون اکوتیپها نسبت به واریانس بین اکوتیپها بیشتر میباشد، در حالیکه بر اساس نشانگر SSR واریانس بین اکوتیپها بیشتر از واریانس داخل اکوتیپها بود. همچنین تجزیه خوشه، اکوتیپهای مورد مطالعه را در سه گروه قرار داد و این گروهبندی توسط تجزیه به مؤلفههای اصلی مورد تأیید قرار گرفت. با اینحال، اکوتیپهای بیرجند و گناباد و همچنین اکوتیپهای تربتحیدریه و قاین از لحاظ هر دو تجزیه خوشهای اختلاف معنیداری با یکدیگر نداشتند. با اینحال، شباهت ژنتیکی بالایی بین کلیه اکوتیپهای زعفران گزارش شد. نتایج این تحقیق نشان داد اگر چه هر دو نشانگر در ارزیابی تنوع ژنتیکی اکوتیپهای زعفران کارآمد بودند، ولی نشانگر iPBS در مقایسه با نشانگر SSR کارایی بالاتری در تعیین تنوع ژنتیکی اکوتیپهای مورد مطالعه زعفران داشت