La Bourgogne est arrivée au troisième rang des régions françaises les plus éprouvées par la canicule de l'été 2003. Cela s'explique par la conjonction de températures particulièrement élevées, de nuit comme de jour, et d'une proportion de personnes âgées nettement supérieure à la moyenne nationale. Mais des disparités importantes ont été notées à l'intérieur de la région, avec une surmortalité 1,5 fois plus élevée dans l'Yonne que dans la Nièvre et avec de forts écarts entre villes et campagnes. Plus que la valeur absolue des températures, c'est souvent leur persistance qui a entraîné la multiplication des décès. Un système d'alerte a été mis en place dans les suites de l'événement. Le test de ce dispositif a confirmé sa pertinence en Côte d'Or et dans l'Yonne, mais il a mis en évidence une nécessaire révision des seuils en Saône-et-Loire et, plus encore, dans la Nièvre. Il a également souligné la difficulté d'extrapoler à tout un département des seuils définis à partir d'une seule station de référence