Este trabalho considera o problema de flow shop permutacional com tempos de setup independentes da sequência e minimização do tempo médio de fluxo. Com o intuito de comparar os resultados obtidos, propõe-se dois modelos de programação linear inteira mista.: um baseado em variáveis de precedência e outro em variáveis de posição. A experimentação computacional foi realizada por meio de um conjunto de 1000 problemas-testes da literatura, divididos em 40 classes, segundo a variação do número de máquinas, tarefas e distribuição dos tempos de processamento. Os resultados evidenciaram que a formulação baseada em variáveis de posição é mais eficiente do que aquela baseada em variáveis de precedência