Landa, J. (Jorge)

Spanish

Landa, Jorge

Digital.CSIC

Protocolo para manejo de Image J para el análisis de la forma de los individuos

Repositorio Institucional Digital del IEO

Protocolo para manejo de Image J para el análisis de la forma de los individuos (truss network)  Jorge Landa Instituto Español de Oceanografía, Centro Oceanográfico de Santander, Promontorio de San Martín s/n, 39080 Santander, Spain. jorge.landa@ieo.es.    Adaptado de “Measuring otolith rings with ImageJ” por Carlos Díaz Gil V. 1    1. Instalar FIJI (= ImageJ) desde FIJI (http://fiji.sc/) 2. Instalar ObjectJ pluging desde “Download” de ObjectJ (https://sils.fnwi.uva.nl/bcb/objectj/) 3. Pegar ObjectJ plugin en la carpeta “plugin” de FIJI 4. Instalar TreeRings desde TreeRings (https://sils.fnwi.uva.nl/bcb/objectj/examples/TreeRings/TreeRings-9.htm) 5. Click en el program Fiji, Plugins, ObjectJ y aparecerá ObjectJ como icono nuevo. 6. Ir a directorio TreeRings y copiar y pegar los ficheros: TreeRings-11.ojj, TreeRings-a.jpg al directorio donde tienes las imágenes a medir. 7. Cambiar el nombre de: TreeRings-11.ojj por Measurer.ojj. Así mantendremos el fichero .ojj (ej. Measurer.ojj) como plantilla para los análisis. 8. Click en el program Fiji, ObjectJ, Project, Open Project, e ir a donde esté Measurer.ojj y abrirlo. 9. En la ventana Measurer.ojj, ir a TreeRings-a.jpg, TreeRings-b.jpg, TreeRings-c.jpg y dar a Unlink. ---------------------------------------------- 10. Dar a Link y señalar la imagen que quiera analizar. Una vez que aparezca en “Linked Images”, dar click sobre ella. 11. Click F1 o en el icono “diana” de la ventana recién desplegada ObjectJ Tools. 12. Click en cada punto de inserción (ver los códigos siguientes dependiendo del tipo de animal) deseado en la imagen, siguiendo la siguiente secuencia:  Peces con 1 aleta dorsal (10 puntos marcados en la Fig.1a (=8 landmarks+A+B) con 21 señalizaciones): 1,2,3,4,5,6,7,1,6,2,5,3,6,2,4,2,7,1,8, A(inicio regla), B(fin regla).  Peces con 2 aletas dorsales (11 puntos marcados en la Fig.1b (=9 landmarks +A+B) con 24 señalizaciones): 1,2,3,4,5,6,7,8,1,7,2,6,3,5,4,6,3,7,2,8,1,9, A(inicio regla), B(fin regla).  Crustáceos (21 puntos marcados en la Fig.1c (=19 landmarks +A+B) con 56 señalizaciones):  18,3,17,18,2,17,4,16,17,3,16,5,15,16,4,15,6,14,15,5,14,7,13,14,6,13,8,12,13,7,12,9,11,12,8,11,10,9,8,7,6,5,4, 3,2,1,18,19,2,1,19,3,17,19, A(inicio regla), B(fin regla).  13. Click F4 y escribir 0 (o 2000) en la celda en que aparece un número en vez del número que sale. 14. Y aparecerá la TRUSS NETWORK dibujada. Copiar pantalla con “control+Impr Pant” y pegar en Power point. 15. Para obtener las medidas resultantes, click en el program Fiji, ObjectJ, Output (List). 16. Copiar los valores con el código del individuo (parte superior) al Excel 17. Chequear (control de calidad) en excel que hay el siguiente número de valores (=medidas) y que son relativamente parecidas entre los individuos:  Peces con 1 aleta dorsal: 20 medidas, de las que van a ser válidas 16 (pues hay 4 no válidas: 3 repetidas y 1 de enlace): 15 medidas del indiv. + medida A-B (es 1 más que las 14 que aparecen en el "DEMERSTEM Protocols for Biological Sampling", pues aquí está incluida la long. a la furca).  Peces con 2 aletas dorsales: 23 medidas, de las que van a ser válidas 18 (pues hay 5 no válidas: 4 repetidas y 1 de enlace): 17 medidas del indiv. + medida A-B (es 1 más que las 16 que aparece en el "DEMERSTEM Protocols for Biological Sampling", pues aquí está incluida la long. total).  Crustáceos: 55 medidas, de  las que van a ser válidas 45 (pues hay 10 no válidas: 9 repetidas y 1 de enlace):  44 medidas del indiv. + medida A-B. Figura 1. Ejemplos para peces con 1 aleta dorsal (a); con 2 aletas dorsales (b) y crustáceos (c).    a)     b)     c)  213487659A B21348765A B

http://www.repositorio.ieo.es/e-ieo/bitstream/10508/11926/3/Protocolo_Image%20J_Truss%20network_final.pdf

Protocolo para manejo de Image J para el análisis de la forma de los individuos

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

Digital.CSIC

Repositorio Institucional Digital del IEO