La estructura de los ensamblajes de microcrustáceos de zonas altas en los Andes, es poco conocida. En este trabajo, describimos la composición y riqueza del ensamblaje de microcrustáceos zooplanctónicos (es decir, la estructura del ensamblaje) de 27 lagunas altoandinas, distribuidas en tres distritos biogeográficos de la Cordillera Oriental de Bolivia: Titicaca y Cordillera Real (La Paz), Tunari (Cochabamba) y Los Frailes (Potosí). Las muestras biológicas fueron obtenidas en cada laguna, según la metodología limnológica convencional y se identificaron un total de 34 especies de microcrustáceos (copépodos y cladóceros). Las especies de los géneros Boeckella y Daphnia fueron características, con dos especies endémicas de la región altoandina, D. peruviana y B. titicacae. Las lagunas de los distritos de La Paz y Cochabamba mostraron un ensamblaje de microcrustáceos similar al de las lagunas del distrito de Potosí. La abundancia y riqueza no mostró diferencias significativas entre los sectores estudiados, sin embargo, existe una tendencia a ser mayor en las lagunas del distrito de Potosí. En Bolivia aún quedan zonas poco exploradas y se sabe que pocas especies del zooplancton son realmente cosmopolitas, lo cual refuerza la necesidad de mayores estudios regionales detallados, ya que estudios apoyan la existencia de endemismos no descritos en los Andes de Sudamérica.
