The aim of this study was to compare littoral zone fish assemblage richness, composition, dominance and size patterns between beach seine and gillnets sampling methods in coastal lakes at Tramandaí river, Southern Brazil. Monthly samples were taken in the littoral zones of six coastal shallow lakes (Itapeva, Quadros, Malvas, Fortaleza, Rondinha and Barros). Dominance and similarity analyses showed differences in species composition, numerical abundance and biomass among the sampling methods. Eleven species were dominant, but only one (Psalidodon aff. fasciatus) was dominant to both sampling methods. Beach seines sampled individuals with a total length ranging from 20 to 80 mm, while gillnets sampled individuals with a total length over 100 mm. An assemblage with high species richness, dominated by small fishes was found in the lake’s margins. In contrast, an assemblage with lower species richness comprised of larger fishes was found in inner areas. The methods are complementary in accessing species richness. Beach seine is a better alternative for monitoring programs as it provides reliable data at lower cost. These results may be useful in the sample design of future research or in the monitoring of ichthyofauna.O objetivo do estudo foi comparar a riqueza, composição, dominância e tamanho dos peixes capturados com rede de arrasto de praia e redes de emalhe nas assembleias de peixes de lagos rasos costeiros do sistema do rio Tramandaí, sul do Brasil. Amostragens foram realizadas na zona litoral dos lagos Itapeva, Quadros, Malvas, Fortaleza, Rondinha e Barros. Análises de similaridade e dominância mostraram diferenças em riqueza, composição e abundância numérica entre os métodos. Onze espécies foram dominantes, mas apenas uma (Psalidodon aff. fasciatus) foi dominante em ambos os métodos. A rede de arrasto de praia capturou indivíduos com comprimento total entre 20 e 80 mm, enquanto as redes de emalhe indivíduos acima de 100 mm. Uma assembleia de maior riqueza em espécies e dominada por pequenos peixes foi encontrada nas margens. Ao contrário, uma assembleia de menor riqueza e peixes de maior tamanho foi encontrada nas áreas internas da zona litoral. Os métodos são complementares na avaliação da riqueza de espécies, visto que cada um tem sua seletividade. Concluímos que para programas de monitoramento de longo prazo a rede de arrasto é uma alternativa melhor, visto a confiabilidade dos dados, as facilidades no manuseio e o baixo custo de operação