Beer, Martin

Höper, Dirk

Pohlmann, Anne*

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   7. Riemser Diagnostiktage 26.-27. November 2015    DetektiVir: Von NGS-basierter Virendetektion zur maßgeschneiderten Diagnostik Anne Pohlmann, Dirk Höper, Martin Beer Institut für Virusdiagnostik, Friedrich-Loeffler-Institut, Insel Riems  Schnelle und sichere Diagnostik ist die Grundlage für die Entdeckung und Kontrolle von viralen Infektionen. Die etablierten molekularen Diagnostikmethoden sind allerdings nur hilfreich bei bekannten Erregern. Bei der Diagnose neu auftretender Erreger oder neuer Varianten bekannter Erreger nehmen Next-Generation-Sequencing (NGS) Methoden eine Schlüsselstellung ein. NGS wird in der Diagnostik bislang selten eingesetzt, wobei als ein maßgebliches Hindernis häufig das Fehlen verständlicher und einfach zu bedienender Auswertewerkzeuge und Algorithmen sowie die fehlende integrative Verbindung von Daten und Analyseverfahren genannt wird. Mit der fehlenden Genomsequenz fehlt aber auch die Grundlage für die Entwicklung molekularer sowie serologischer Diagnostik. Um diese Lücke zu schließen, wird im Rahmen des BMBF-geförderten Drittmittelprojektes „DetektiVir“ ein innovativer Diagnostik-Workflow erarbeitet. Dieser wird Methoden enthalten, die es ermöglichen, neuartige Erreger mittels NGS de novo zu identifizieren. Mit Hilfe der damit gewonnenen molekularen Grundlagen können weitere Nachweismethoden, insbesondere serologische Diagnostik, für diese neuen Erreger abgeleitet werden. Dabei wird im Projekt ein Screening mittels Peptidarrays eingesetzt. Die notwendigen bioinformatischen Werkzeuge werden über entsprechende Schnittstellen in einer zentralen Datendrehscheibe bereitgestellt. Ergebnisse aus der Metagenomsequenzierung fließen hier ein und können passgenau untersucht werden. Über die Datendrehscheibe werden die daraus resultierenden Ergebnisse als Grundlage für die Entwicklung der serologischen Diagnostika abgerufen. Ergebnisse aus dem serologischen Screening dienen wiederum als Basis für die weitere Etablierung und Validierung von Tests und final zur vollständigen Erregercharakterisierung und Testverfügbarkeit. Der vollständige Diagnostik-Workflow ist auf jeden möglichen Erreger anwendbar und wird nicht nur dokumentiert und veröffentlicht, sondern relevanten Akteuren aus dem Gesundheitsbereich zur Verfügung gestellt. Damit können diese neuen diagnostischen Möglichkeiten auch in der Praxis umgesetzt werden. AVIDArbeitskreis für veterinärmedizinische Infektionsdiagnostik7. Riemser Diagnostiktage 26. und 27. November 2015 Alfried Krupp-Wissenschaftskolleg  in Greifswald

DetektiVir: Von NGS-basierter Virendetektion zur maßgeschneiderten Diagnostik

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DetektiVir: Von NGS-basierter Virendetektion zur maßgeschneiderten Diagnostik

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