Puna-apilarehu sisältää isoflavoneja, joista osa on estrogeenisesti aktiivisia. Ne aiheuttavat lampaille herkästi lisääntymishäiriöitä, lehmillä häiriöt ovat harvinaisia. Isoflavonipitoisuudet ovat suurimmillaan parhaaseen rehunkorjuuaikaan keväällä ja syksyllä. Rehun kuivaaminen heinäksi ja voimakas esikuivatus vähentävät pitoisuuksia. Sen sijaan säilörehussa pitoisuudet säilyvät hyvin.vo
