Collecte et intégration de données biologiques hétérogènes sur le web : application dans le domaine de la cartographie du génome humain

Abstract

Article dans revue scientifique avec comité de lecture. nationale.National audienceLa réponse à une question biologique donnée nécessite souvent l'interrogation de multiples ressources réparties et accessibles par le web. Le travail présenté ici s'inscrit dans le cadre de l'intégration de sources hétérogènes structurées en prenant en compte les spécificités identifiées des sources de données biologiques. Les problèmes rencontrés ont été analysés pour rechercher les pathologies orphelines co-localisées avec un gène d'intérêt. Le scénario de recherche d'information a été formalisé et un modèle générique est proposé pour l'interrogation des sources. Une DTD XML nous permet de représenter les données collectées. Ces propositions ont donné lieu à deux prototypes, Xmap_INTERACTIF et Xmap_AUTO. Les résultats d'un test impliquant 164 gènes sont analysés. || Answering biological questions frequently requires multiple queries through various sources disseminated on the web. The context of the work presented here is integration of heterogeneous data sources taking into account specificities of biological sourc