Réponse transcriptomique du Peuplier à une sollicitation mécanique : inférence de réseaux de régulations géniques à partir de données d’expression

Abstract

il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATIONMasterCe n’est que récemment que la réponse transcriptionnelle des plantes à des sollicitations mécaniques a commencé à être étudiée. Il n’existe pas encore d’étude globale de la réponse des plantes au vent. L’équipe MECA du PIAF a mis en place des expériences visant à évaluer la cinétique de la réponse moléculaire du peuplier suite à une flexion de sa tige mimant l’effet du vent, en utilisant des puces ADN. L’objectif est de construire un réseau de régulation du transcriptome, à partir de ces données. Les données issues des puces ADN sont atypiques pour l’inférence de réseau de gènes (beaucoup de gènes, peu de mesures temporelles). Une stratégie en 3 étapes adaptée à ces jeux de données a donc été mise en place : (1) augmentation du nombre d’observations temporelles par Kernel Ridge Regression, (2) diminution du nombre de gènes par clustering spectral, (3) modélisation des liens entre gènes par une méthode de Last Absolute Shrinkage and Selection Operator avec échantillonnage. Les premiers résultats obtenus sont encourageants, et la stratégie d’analyse est en cours d’amélioration