Durante la Guerra Civil (1936-1939) y fruto de la posterior dictadura franquista, cientos de miles de personas fueron asesinadas en España. A pesar de estas dramáticas cifras, la recuperación e identificación de los cadáveres no cobró protagonismo hasta los años 2000, con la intensificación de la memoria histórica y el posterior movimiento social defensor que condensó en la Ley actual de Memoria Democrática. Desde entonces, la identificación ha sido realizada empleando desde técnicas antropológicas y genéticas hasta técnicas arqueológicas. En los últimos años las técnicas genéticas han ido ganando protagonismo, siendo principalmente utilizadas las técnicas de análisis de ADN mitocondrial, los marcadores genéticos de STR autosómico y la aplicación de los STRs del Cromosoma Y. El objetivo de este trabajo es revisar su uso, las ventajas e inconvenientes de estas técnicas, así como realizar un análisis comparado de las mismas y tratar de aportar un análisis que ayude en el empleo de estas por las Administraciones Públicas y en las posteriores identificaciones que busquen ayudar a la reconciliación social