L'activité apostolique n'occupe qu'une place limitée dans les Constitutions des capucins, même après leurs révisions du XVIIe siècle, l'accent étant plutôt mis sur la pauvreté et l'intensité de la vie spirituelle. Aussi le développement des missions ne se fait pas sans hésitations et tensions internes, les autorités de l'ordre craignant que les religieux qui y participent ne s'écartent trop de l'observance régulière et mettent de la sorte leur propre salut en danger. Fondamentalement deux approches de la vie religieuse s'opposent. Les tenants de la première (Santi Tesauro par exemple) procèdent à une lecture juridique de la Règle ; ceux de la seconde, représentée surtout dans les pays de coexistence confessionnelle, opèrent une lecture spirituelle des textes et estiment que l'ordre doit pleinement participer à la reconquête catholique, y compris par l'exercice de la confession et par la pratique des missions " apud fideles "