International audienceUne suite logicielle pour la protéomique interfacée sur une grille de calcul. Utilisation d'algorithmes libres pour l'identification MS/MS, le séquençage de novo et l'annotation fonctionnelle

Bertile, Fabrice

Burel, Alexandre

Carapito, Christine

Genaud, Stéphane

Guterl, Patrick

Pansanel, Jérôme

Roy, Christelle

van Dorsselaer, Alain

HAL-IN2P3

Une suite logicielle pour la prote´omique interface´e surune grille de calcul. Utilisation d’algorithmes libres pourl’identification MS/MS, le se´quenc¸age de novo etl’annotation fonctionnelle.Christine Carapito, Je´roˆme Pansanel, Patrick Guterl, Alexandre Burel,Fabrice Bertile, Ste´phane Genaud, Alain Van Dorsselaer, Christelle RoyTo cite this version:Christine Carapito, Je´roˆme Pansanel, Patrick Guterl, Alexandre Burel, Fabrice Bertile, etal.. Une suite logicielle pour la prote´omique interface´e sur une grille de calcul. Utilisa-tion d’algorithmes libres pour l’identification MS/MS, le se´quenc¸age de novo et l’annotationfonctionnelle.. Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Sep 2011, Lyon, France. <hal-00653016>HAL Id: hal-00653016https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00653016Submitted on 16 Dec 2011HAL is a multi-disciplinary open accessarchive for the deposit and dissemination of sci-entific research documents, whether they are pub-lished or not. The documents may come fromteaching and research institutions in France orabroad, or from public or private research centers.L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, estdestine´e au de´poˆt et a` la diffusion de documentsscientifiques de niveau recherche, publie´s ou non,e´manant des e´tablissements d’enseignement et derecherche franc¸ais ou e´trangers, des laboratoirespublics ou prive´s. Une suite logicielle pour la protéomique interfacée sur une grille de calcul. Utilisation d’algorithmes libres pour l’identification MS/MS, le séquençage de novo et l’annotation fonctionnelle.   Auteurs Christine CARAPITO1, Jérôme PANSANEL2, Patrick GUTERL1, Alexandre BUREL1, Fabrice BERTILE1, Stéphane GENAUD3, Alain VAN DORSSELAER1, Christelle ROY2  Affiliations 1 Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique, DSA, IPHC, UMR7178, CNRS, Université de Strasbourg, 25 rue Becquerel 67087 Strasbourg, France  2 Département Recherches Subatomiques, DRS, IPHC, UMR7178, CNRS, Université de Strasbourg, 23 rue du Loess 67037 Strasbourg, France 3 Laboratoire de Sciences de l’Image, de l’Informatique et de la Télédétection, équipe ICPS (LSIIT / ICPS), Université de Strasbourg, CNRS UMR 7005, Strasbourg, France   Contexte Les progrès instrumentaux en spectrométrie de masse (MS) de ces 20 dernières années ont conduit au développement d’instruments générant des données MS/MS de plus en plus volumineuses (du fait d’une grande rapidité d’acquisition des spectres de fragmentation). Par ailleurs, la soumission des résultats d’identification de protéines à partir de ces données MS/MS est de plus en plus réglementée par les journaux du domaine qui recommandent l’utilisation d’algorithmes transparents (open-source) et multiples si possible. Dans ce contexte, afin de répondre au besoin croissant de puissance de calcul nécessaire à l’interprétation des données MS/MS, une suite logicielle bâtie sur des logiciels libres a été adaptée et améliorée sur une grille de calcul.  Méthodes et Résultats La suite logicielle développée à l’IPHC permet :  - de créer, d’extraire, de concaténer, de formater des banques de séquences protéiques, notamment à partir des banques de séquences publiques accessibles telles que NCBInr, UniProtKB, UniProtKB/SwissProt, … - de lancer des requêtes OMSSA (Open Mass Spectrometry Search Algorithm) pour l’identification de protéines à partir de données MS/MS sur la grille de calcul locale de l’IPHC (1024 cœurs de calculs, site TIER-2 de la grille LHC (Large Hadron Collider)) et mondiale. - d’interpréter à haut débit des données MS/MS acquises sur des organismes non séquencés par séquençage de novo suivi de recherches d’homologies de séquences. - d’extraire de manière automatisée les annotations fonctionnelles disponibles sur les protéines identifiées. L’ensemble de ces outils est disponible sur le site https://msda.u-strasbg.fr.  Conclusion L’adaptation de la suite logicielle sur une grille de calcul permet de répondre aux importants besoins de puissance de calcul non accessibles à ce jour dans les laboratoires de protéomique. En effet, selon le type de requête (nombre de spectres MS/MS, taille de la banque de séquences, recherche de modifications post-traductionnelles, séquençage de novo, …), un gain d’un facteur 100, voire 1000 est obtenu en routine grâce à la parallélisation des outils et à leur lancement sur une grille de calcul.   

Une suite logicielle pour la protéomique interfacée sur une grille de calcul. Utilisation d'algorithmes libres pour l'identification MS/MS, le séquençage de novo et l'annotation fonctionnelle.

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Une suite logicielle pour la protéomique interfacée sur une grille de calcul. Utilisation d'algorithmes libres pour l'identification MS/MS, le séquençage de novo et l'annotation fonctionnelle.

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